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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004498

染色体: Chr08 坐标: 54595716-54597198 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004498
名称SmilChr08G004498
描述NAC domain-containing protein 79-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54595716 - 54597198 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999221
GeneID130999221
locus_tag-
NCBI NameLOC130999221
原始查询SmilChr08G004498

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC domain-containing protein 79-like
产物NAC domain-containing protein 79-like
ArabidopsisAT5G07680 (NAC080)
NAC domain containing protein 80 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830661]
identity=66.2; qcov=0.835; evalue=5.91e-104; confidence=high
RiceOs04g0460600 (NAC2)
-
identity=53.8; qcov=0.902; evalue=9.77e-85; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999221

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780708.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780708.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780708.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780708.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057780708.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54596080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:54596117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr8:54596119 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 16 A24,B102,B104,B13,B30,B40,B91,B99,C16,C47,C60,C62,C65,C87,C9,D8
Chr8:54596149 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:54596234 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B101,C57
Chr8:54596234 T TCG 2bp_insertion CDS_variant 2 B101,C57
Chr8:54596439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:54596587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B60,B91,C32,C68
Chr8:54596590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B127
Chr8:54596629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C43
Chr8:54596917 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B110
Chr8:54596917 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B110

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780708.1
266 aa
N
1
133
266
NAM
C
PF02365 NAM 14-138 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780708.1 Pfam PF02365 NAM Family 14 138 7.8e-47 159.5 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924725.1
ATTTGGTCTATTTCTCTCCGTCACCTTTCACACCACCCAAATAAAATTTCCCATTTCTCTCATTTCCCCCAAAATTTTATTTTCCTAAATATCAATTATTTGCTGGATTTGGAATCATTTATCGCAGTGGCGTCTGGAGCTGTTTGGCAGAATCCCTTTTTTTTCATCTTTTTTTCGCAGTAAGCTTGCAAAAGTTTGCTTCTTCTTCTTCTTCCCCAATCCATCAAAGTCAAAATCGAAAAAAAAATTATTTGGATTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999221
ATGATGGAATTCAAATCTGGAGATGATCACATAGACCTGCCTCCTGGGTTTCGATTTCACCCAACCGATGAAGAACTCATCACTCATTATCTGTCGAAGAAGGTTCTCGATCCTTCCTTCTCCGCCGTCGCCATTGGCGAAGTCGACATGAACAAAGTCGAGCCGTGGGAGCTGCCTTGGAGAGCGAAATTAGGGGAGAAGGAATGGTATTTTTTCTGCATAAGGGATAAGAAGTATCCGACGGGGCTGCGAACGAACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780708.1
MMEFKSGDDHIDLPPGFRFHPTDEELITHYLSKKVLDPSFSAVAIGEVDMNKVEPWELPWRAKLGEKEWYFFCIRDKKYPTGLRTNRATAAGYWKATGKDREILRGRSLVGMKKTLVFYQGRAPKGEKSNWVTHEYRLEGEFSPPGSAKNDWVISRVFQKTTGGKKIHISGMTRVESATMPPLVDSMKLEPKYEHEHEHVHCFSKAAAAVAPHKDLFNNDPIFPSSSNHVDFSSFSRSQFPQIQGEAGFTFPDLYSSTGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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