当前解析结果
SmilChr08G004502| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004502 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004502 |
| 描述 | probable myosin-binding protein 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 54626205 - 54630205 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999224 |
|---|---|
| GeneID | 130999224 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999224 |
| 原始查询 | SmilChr08G004502 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable myosin-binding protein 6 |
| 产物 | probable myosin-binding protein 6 |
| Arabidopsis | AT1G74830 (AT1G74830)myosin-binding protein, putative (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843822] identity=38.5; qcov=0.995; evalue=5.91e-108; confidence=medium |
| Rice | Os10g0414800 (SIP8)- identity=27.4; qcov=1.09; evalue=1.31e-40; confidence=low |
| GO | GO:0017022 (myosin binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04576 (Zein-binding) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999224 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.60000 | XP_057780712.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057780712.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780712.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780712.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780712.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:54626474 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr8:54626516 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,B81,C9 |
Chr8:54626531 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,B81,C9 |
Chr8:54626576 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,A2,C74 |
Chr8:54626621 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B130 |
Chr8:54626636 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr8:54626708 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr8:54626726 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B82,B90,B92,C23,C25 |
Chr8:54626750 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr8:54627253 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B27,B69,C1,D1 |
Chr8:54627275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B56,B96 |
Chr8:54627444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780712.1PF04576
Zein-binding 344-434 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780712.1 |
Pfam | PF04576 |
Zein-binding | Coiled-coil | 344 | 434 | 2.9e-29 | 101.9 | Zein-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。