Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004507

染色体: Chr08 坐标: 54670532-54684264 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004507
名称SmilChr08G004507
描述uncharacterized SmilChr08G004507
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54670532 - 54684264 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999230
GeneID130999230
locus_tag-
NCBI NameLOC130999230
原始查询SmilChr08G004507

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806]; symbol=RPP13; hit=AT3G46530; species=arabidopsis; confidence=low
产物NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806]; symbol=RPP13; hit=AT3G46530; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G46530 (RPP13)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806]
identity=28.9; qcov=0.311; evalue=3.46e-46; confidence=low
RiceOs08g0424700 (P0456B03.103)
-
identity=27.6; qcov=0.344; evalue=1.35e-40; confidence=low
GOGO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057780718.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780718.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780718.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780718.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780718.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54670834 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 5 A20,B12,B54,B89,B99
Chr8:54670834 TC T 1bp_deletion CDS_variant 5 A20,B12,B54,B89,B99
Chr8:54670900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B12,B54,B89,B99
Chr8:54670917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C9
Chr8:54671023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:54671101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B76,C25,C59
Chr8:54671142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr8:54671206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr8:54671210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C40
Chr8:54671239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C40
Chr8:54671243 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 3 A18,B25,B45
Chr8:54671243 C CG 1bp_insertion CDS_variant 3 A18,B25,B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780718.1
2203 aa
N
1
1102
2203
NB-ARC
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
NB-ARC
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 156-326 aa PF00931 NB-ARC 444-604 aa PF23559 WHD_DRP 686-744 aa PF23598 LRR_14 817-1079 aa PF00931 NB-ARC 1373-1537 aa PF00931 NB-ARC 1656-1809 aa
XP_057780719.1
2202 aa
N
1
1101
2202
NB-ARC
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
NB-ARC
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 156-326 aa PF00931 NB-ARC 444-604 aa PF23559 WHD_DRP 686-744 aa PF23598 LRR_14 817-1077 aa PF00931 NB-ARC 1372-1536 aa PF00931 NB-ARC 1655-1808 aa
XP_057780720.1
2083 aa
N
1
1042
2083
NB-ARC
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
NB-ARC
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 156-326 aa PF00931 NB-ARC 444-604 aa PF23559 WHD_DRP 686-744 aa PF23598 LRR_14 817-1077 aa PF00931 NB-ARC 1373-1537 aa PF00931 NB-ARC 1656-1809 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780718.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 156 326 5.7e-95 316.5 NB-ARC domain
XP_057780718.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 444 604 5.7e-95 316.5 NB-ARC domain
XP_057780718.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 686 744 3.9e-07 30.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780718.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 817 1079 8.9e-13 48.4 Leucine-rich repeat region
XP_057780718.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 1373 1537 5.7e-95 316.5 NB-ARC domain
XP_057780718.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 1656 1809 5.7e-95 316.5 NB-ARC domain
XP_057780719.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 156 326 5.6e-95 316.5 NB-ARC domain
XP_057780719.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 444 604 5.6e-95 316.5 NB-ARC domain
XP_057780719.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 686 744 3.9e-07 30.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780719.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 817 1077 8.9e-13 48.4 Leucine-rich repeat region
XP_057780719.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 1372 1536 5.6e-95 316.5 NB-ARC domain
XP_057780719.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 1655 1808 5.6e-95 316.5 NB-ARC domain
XP_057780720.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 156 326 3.9e-95 317.1 NB-ARC domain
XP_057780720.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 444 604 3.9e-95 317.1 NB-ARC domain
XP_057780720.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 686 744 3.5e-07 30.9 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780720.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 817 1077 7.8e-13 48.6 Leucine-rich repeat region
XP_057780720.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 1373 1537 3.9e-95 317.1 NB-ARC domain
XP_057780720.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 1656 1809 3.9e-95 317.1 NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924735.1
CGCAGATGGTGTGAGGAAGAGTGGAGCGAGCATAGATGGCTTATGCTGCAGTGATTTCCCTTATGCAAACAATACAACGTCTTCGAAATTCTTCTCGATTTTCTCGAGAAAGCTTGGGATCTGCGTCGGAGGAGGCGGCATCCCTACAGAGAGTCTTGAAAGGACTCGACGATCACGGCGGAGGCGGTGGCGGAGGGGAGAGGCTGGACGCTTTGGATGGCCAGATCAGAGAGGCGGCGAGCAAACTTGAAGATTTTCTG...
XM_057924736.1
CGCAGATGGTGTGAGGAAGAGTGGAGCGAGCATAGATGGCTTATGCTGCAGTGATTTCCCTTATGCAAACAATACAACGTCTTCGAAATTCTTCTCGATTTTCTCGAGAAAGCTTGGGATCTGCGTCGGAGGAGGCGGCATCCCTACAGAGAGTCTTGAAAGGACTCGACGATCACGGCGGAGGCGGTGGCGGAGGGGAGAGGCTGGACGCTTTGGATGGCCAGATCAGAGAGGCGGCGAGCAAACTTGAAGATTTTCTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999230
ATGGCTTATGCTGCAGTGATTTCCCTTATGCAAACAATACAACGTCTTCGAAATTCTTCTCGATTTTCTCGAGAAAGCTTGGGATCTGCGTCGGAGGAGGCGGCATCCCTACAGAGAGTCTTGAAAGGACTCGACGATCACGGCGGAGGCGGTGGCGGAGGGGAGAGGCTGGACGCTTTGGATGGCCAGATCAGAGAGGCGGCGAGCAAACTTGAAGATTTTCTGATACTCCATCAATCAGATAATGGTGGAGATGAATT...
LOC130999230
ATGGCTTATGCTGCAGTGATTTCCCTTATGCAAACAATACAACGTCTTCGAAATTCTTCTCGATTTTCTCGAGAAAGCTTGGGATCTGCGTCGGAGGAGGCGGCATCCCTACAGAGAGTCTTGAAAGGACTCGACGATCACGGCGGAGGCGGTGGCGGAGGGGAGAGGCTGGACGCTTTGGATGGCCAGATCAGAGAGGCGGCGAGCAAACTTGAAGATTTTCTGATACTCCATCAATCAGATAATGGTGGAGATGAATT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057780718.1
MAYAAVISLMQTIQRLRNSSRFSRESLGSASEEAASLQRVLKGLDDHGGGGGGGERLDALDGQIREAASKLEDFLILHQSDNGGDELVSSEMMRWFAETAKKLREDYAAELDNDDGGEGEGGGAESSETDDSGADMVGYSDELNHVKWHMRNAVRPDDWAAVSMFGRPGTGRSYGAWEVFQCSQQLQTFHCGVWVTVAPNSHRKDILGGILSQARIYLNCGNREVAVGAGQDAAGLKGSEENEEEFAIRFSLLNILAGRR...
XP_057780719.1
MAYAAVISLMQTIQRLRNSSRFSRESLGSASEEAASLQRVLKGLDDHGGGGGGGERLDALDGQIREAASKLEDFLILHQSDNGGDELVSSEMMRWFAETAKKLREDYAAELDNDDGGEGEGGGAESSETDDSGADMVGYSDELNHVKWHMRNAVRPDDWAAVSMFGRPGTGRSYGAWEVFQCSQQLQTFHCGVWVTVAPNSHRKDILGGILSQARIYLNCGNREVAVGAGQDAAGLKGSEENEEEFAIRFSLLNILAGRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器