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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004509

染色体: Chr08 坐标: 54723041-54731548 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004509
名称SmilChr08G004509
描述uncharacterized SmilChr08G004509
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54723041 - 54731548 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999232
GeneID130999232
locus_tag-
NCBI NameLOC130999232
原始查询SmilChr08G004509

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Putative serine esterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837532]; symbol=AT1G09980; hit=AT1G09980; species=arabidopsis; confidence=high
产物Putative serine esterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837532]; symbol=AT1G09980; hit=AT1G09980; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G09980 (AT1G09980)
Putative serine esterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837532]
identity=58.1; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0167500 (OsSTA250)
-
identity=69.7; qcov=0.409; evalue=1.33e-142; confidence=low
GOGO:0044255 (GO:0044255)
KEGG-
PfamPF05057 (DUF676); PF12394 (DUF3657)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057780723.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057780726.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057780723.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057780726.1
5 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057780723.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54723492 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 34 A1,A4,B100,B118,B123,B136,B137,B138,B14,B34,B4,B56,B58,B62,B72,B77,B87,B88,B96,B98,C10,C27,C28,C30,C36,C39,C44,C7,C70,C71,C73,C81,C84,D8
Chr8:54723542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr8:54723557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B67
Chr8:54723749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,D3
Chr8:54724158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B123,B40,C80,D11
Chr8:54724371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B30,B37,C58
Chr8:54724496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:54724606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C82,C85
Chr8:54724735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C82,C85
Chr8:54725628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B12,B124,B42,B43
Chr8:54726659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,C19,C38
Chr8:54726911 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780723.1
816 aa
N
1
408
816
DUF3657
DUF676
C
PF12394 DUF3657 176-239 aa PF05057 DUF676 539-730 aa
XP_057780724.1
816 aa
N
1
408
816
DUF3657
DUF676
C
PF12394 DUF3657 176-239 aa PF05057 DUF676 539-730 aa
XP_057780725.1
816 aa
N
1
408
816
DUF3657
DUF676
C
PF12394 DUF3657 176-239 aa PF05057 DUF676 539-730 aa
XP_057780726.1
663 aa
N
1
332
663
DUF3657
DUF676
C
PF12394 DUF3657 23-86 aa PF05057 DUF676 386-577 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780723.1 Pfam PF12394 DUF3657 Family 176 239 9.1e-19 68.4 Protein FAM135
XP_057780723.1 Pfam PF05057 DUF676 Family 539 730 9.2e-49 166.6 Putative serine esterase (DUF676)
XP_057780724.1 Pfam PF12394 DUF3657 Family 176 239 9.1e-19 68.4 Protein FAM135
XP_057780724.1 Pfam PF05057 DUF676 Family 539 730 9.2e-49 166.6 Putative serine esterase (DUF676)
XP_057780725.1 Pfam PF12394 DUF3657 Family 176 239 9.1e-19 68.4 Protein FAM135
XP_057780725.1 Pfam PF05057 DUF676 Family 539 730 9.2e-49 166.6 Putative serine esterase (DUF676)
XP_057780726.1 Pfam PF12394 DUF3657 Family 23 86 7.7e-19 68.6 Protein FAM135
XP_057780726.1 Pfam PF05057 DUF676 Family 386 577 7.6e-49 166.9 Putative serine esterase (DUF676)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924740.1
AAGAGATGCCAGTTGTTATCCAAGCTTCCTCGTAGTTAACTGAGCTGCCCAAACACGACCTTACGGCTTAAAACTCCCCTCTCTTGTCTCTTTCACCGCCACTCCTCCCACGCGCCGCCGCAGGGATCAAGGCGCCTCTCCTCTCTTTTCACCACCTCTCAACTGCTAATCATCCAGAAGATCTCTGGTGAAGGGGCTGGTTTTTAGAGACAGACATATAGTCGGGGAAAAGGTTTTCAACGCCCTTTTCCCAGACATGA...
XM_057924741.1
AAGAGATGCCAGTTGTTATCCAAGCTTCCTCGTAGTTAACTGAGCTGCCCAAACACGACCTTACGGCTTAAAACTCCCCTCTCTTGTCTCTTTCACCGCCACTCCTCCCACGCGCCGCCGCAGGGATCAAGGCGCCTCTCCTCTCTTTTCACCACCTCTCAACTGCTAATCATCCAGTCTTTGTATCAGGGTGCAGAAGATCTCTGGTGAAGGGGCTGGTTTTTAGAGACAGACATATAGTCGGGGAAAAGGTTTTCAAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999232
ATGTCAGTTTTACTTCAGCATTTCAAATGGATGATCAATGGTTTCAATAAATCATCATCAATGGGTCCTAGGAGGTTGAATGGTCCTGATGCAAAGCCCTTACATCAGCCAAAGTTCCTTCAGCCTCATAAGTCTCCATTGAATCCTGTCAATATCAAACACAATAGCGAAACACTTAAATTGCCCCATTTAGGGGCTATACATGAGATTTCCATTTACATCCATCGATTTCACAACCTTGACTTGTTTCAGCAAGGATG...
LOC130999232
ATGTCAGTTTTACTTCAGCATTTCAAATGGATGATCAATGGTTTCAATAAATCATCATCAATGGGTCCTAGGAGGTTGAATGGTCCTGATGCAAAGCCCTTACATCAGCCAAAGTTCCTTCAGCCTCATAAGTCTCCATTGAATCCTGTCAATATCAAACACAATAGCGAAACACTTAAATTGCCCCATTTAGGGGCTATACATGAGATTTCCATTTACATCCATCGATTTCACAACCTTGACTTGTTTCAGCAAGGATG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057780723.1
MSVLLQHFKWMINGFNKSSSMGPRRLNGPDAKPLHQPKFLQPHKSPLNPVNIKHNSETLKLPHLGAIHEISIYIHRFHNLDLFQQGWYQLKITIRWENDDSGSFGTPARVVQYEAPDLGSDDIYGVWRIDDTDHSFSTQPFRIRYARQDILLAMVVSFNLSLSKLEDPSTSAVIVKFELLYAPVLENRFNVDACLDTSPAAVHEFRLPPKALLGLHAYCPVHFDAFHAVLVDTSVHASLLKSEVHASSLKVPSDPIADKH...
XP_057780724.1
MSVLLQHFKWMINGFNKSSSMGPRRLNGPDAKPLHQPKFLQPHKSPLNPVNIKHNSETLKLPHLGAIHEISIYIHRFHNLDLFQQGWYQLKITIRWENDDSGSFGTPARVVQYEAPDLGSDDIYGVWRIDDTDHSFSTQPFRIRYARQDILLAMVVSFNLSLSKLEDPSTSAVIVKFELLYAPVLENRFNVDACLDTSPAAVHEFRLPPKALLGLHAYCPVHFDAFHAVLVDTSVHASLLKSEVHASSLKVPSDPIADKH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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