Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004523`

染色体: Chr08 坐标: 54798128-54800689 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004523`
名称	SmilChr08G004523
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	54798128 - 54800689 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998699`
GeneID	`130998699`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998699`
原始查询	`SmilChr08G004523`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
Arabidopsis	`AT1G53350` (AT1G53350) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771] identity=27.8; qcov=1.03; evalue=7.79e-75; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=29.9; qcov=0.945; evalue=1.93e-76; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057780094.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057780094.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780094.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780094.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780094.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:54798163`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B37,B42,C22
`Chr8:54798191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C87
`Chr8:54798208`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C21
`Chr8:54798208`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C21
`Chr8:54798235`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B114,B43
`Chr8:54798235`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B114,B43
`Chr8:54798253`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	21	A3,B107,B21,B36,B52,B59,B74,B76,B9,C12,C13,C16,C2,C27,C37,C40,C56,C65,C87,C9,D1
`Chr8:54798313`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B60,C11,C64,C66
`Chr8:54798420`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B126,C83
`Chr8:54798420`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B126,C83
`Chr8:54798421`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B126,C83
`Chr8:54798421`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B126,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780094.1

853 aa

426

853

NB-ARC

WHD_DRP

PF00931 NB-ARC 149-322 aa PF23559 WHD_DRP 405-476 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780094.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	149	322	1.5e-42	145.8	NB-ARC domain
`XP_057780094.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	405	476	1.8e-18	67.1	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924111.1
ATGGCTTACAATCTTCAATCACTCATCACCATCCTCGAAGGGATTCTGGATCCCCAACAAACACGCTGGAATCTTGGACGTGAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCCAAAAAGCTTCTTCCCTGCAGCAGATTCTCGAAAAAACTCCACCACTCACCAAAATACCAAGCTTGGAGTGCCAAATCAGAGACGTAGCAAATGAAGCAGAAGACATCGTTGAATCTCACATGGTTGAAGCAAATGAATCTTACATGCTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998699
ATGGCTTACAATCTTCAATCACTCATCACCATCCTCGAAGGGATTCTGGATCCCCAACAAACACGCTGGAATCTTGGACGTGAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCCAAAAAGCTTCTTCCCTGCAGCAGATTCTCGAAAAAACTCCACCACTCACCAAAATACCAAGCTTGGAGTGCCAAATCAGAGACGTAGCAAATGAAGCAGAAGACATCGTTGAATCTCACATGGTTGAAGCAAATGAATCTTACATGCTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780094.1
MAYNLQSLITILEGILDPQQTRWNLGREKPQLQSLLQKASSLQQILEKTPPLTKIPSLECQIRDVANEAEDIVESHMVEANESYMLERLFSMPEEEEEDTTPDVLLVTQKLDSVIELVVKLVEVETNKKPTGSSVSGASFSSVVVGVDEDLMQLKDRLTGTQSKLEIVPIVGMGGIGKTTLARKLYQDPLIVEHFSHLAWTTVSQDYNMRSILLSLIQCIIGKEECDEHNGKGDSDLKDILYRSLYGRRYMVVLDDIWST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器