Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004525`

染色体: Chr08 坐标: 54815643-54817077 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004525`
名称	SmilChr08G004525
描述	uncharacterized SmilChr08G004525
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	54815643 - 54817077 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999242`
GeneID	`130999242`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999242`
原始查询	`SmilChr08G004525`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsFbox482; symbol=OsFbox482; hit=Os09g0372900; species=rice; confidence=low
产物	OsFbox482; symbol=OsFbox482; hit=Os09g0372900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os09g0372900` (OsFbox482) - identity=26.6; qcov=0.712; evalue=1.02e-10; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF08268 (FBA_3); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999242

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780738.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057780738.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057780738.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780738.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780738.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:54815738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B83,C11,C42,C69
`Chr8:54815738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B83,C11,C42,C69
`Chr8:54815819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B83,B99,C47,C87
`Chr8:54815893`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,C1
`Chr8:54816211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr8:54816245`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr8:54816328`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D3
`Chr8:54816328`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D3
`Chr8:54816406`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B5
`Chr8:54816472`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr8:54816545`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr8:54816681`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780738.1

386 aa

193

386

F-box

F-box-like

FBA_3

PF00646 F-box 45-81 aa PF12937 F-box-like 49-80 aa PF08268 FBA_3 116-370 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780738.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	45	81	9.3e-07	29.2	F-box domain
`XP_057780738.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	49	80	2.5e-07	31.1	F-box-like
`XP_057780738.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	116	370	2e-09	37.6	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924755.1
CACAACTCAACACATACAAAAGAGAGACCAAAAAAAAAAAATCAAATTAAGTTTTGGCGGGAAAATAGAATTGTTGCAAATGGATAGTCTTCCACCGCCACCGCGGCCCCGCCGGTGCAGTGAAGGCTCGCTGATTGGGGTTCAGTTTCCGAGTGTTCGAACTCGCCCTTACTCTTTTAGGAGGTGTAAAAAGGTGAATCCGACAAGCATAGAGTCTCTGTTCGAGGAGCTGTTGATAGAAATCCTGGTACGTCTCTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999242
ATGGATAGTCTTCCACCGCCACCGCGGCCCCGCCGGTGCAGTGAAGGCTCGCTGATTGGGGTTCAGTTTCCGAGTGTTCGAACTCGCCCTTACTCTTTTAGGAGGTGTAAAAAGGTGAATCCGACAAGCATAGAGTCTCTGTTCGAGGAGCTGTTGATAGAAATCCTGGTACGTCTCTCAGCTGATGATCTTTACGCCAATGTAAGGCTGGTGTGTCGCAGATGGTACCATCTAATCCATTTCAAACCTTTCGTGTACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780738.1
MDSLPPPPRPRRCSEGSLIGVQFPSVRTRPYSFRRCKKVNPTSIESLFEELLIEILVRLSADDLYANVRLVCRRWYHLIHFKPFVYAHLNHTSYGLLLSHSSDDQIFITATTQGRIEVSNLGYVIRFRHVSSCNGLTVGLEFCGKFAAFIVNPATKCRFSLPPLPVGGESGFLGIAYAAASMEYKVVLTYIVDRIHKCAILTVGVDKTWRSVAIAKSISILQTPLIIQGFMLWLLERTRIMTLNVESEVMREIHVPIFPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器