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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004555

染色体: Chr08 坐标: 55131215-55131634 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004555
名称SmilChr08G004555
描述cytochrome P450 71A1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55131215 - 55131634 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998715
GeneID130998715
locus_tag-
NCBI NameLOC130998715
原始查询SmilChr08G004555

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71A1-like
产物cytochrome P450 71A1-like
ArabidopsisAT2G02580 (CYP71B9)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814788]
identity=40.1; qcov=1.02; evalue=5.54e-30; confidence=medium
RiceOs06g0325900 (P0652D10.24)
-
identity=45.8; qcov=0.849; evalue=1e-30; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998715

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057780108.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057780108.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780108.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780108.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780108.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55131310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C62
Chr8:55131313 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 3 A22,B140,C74
Chr8:55131313 G GA 1bp_insertion CDS_variant 3 A22,B140,C74
Chr8:55131356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C62,C65
Chr8:55131371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B95,D6
Chr8:55131380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B40,C60,C62
Chr8:55131381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B60,B83
Chr8:55131384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,B95
Chr8:55131385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr8:55131392 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 8 B120,B122,B124,B137,B18,C54,D2,D6
Chr8:55131400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C59
Chr8:55131404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780108.1
139 aa
N
1
70
139
p450
C
PF00067 p450 2-122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780108.1 Pfam PF00067 p450 Domain 2 122 4.9e-30 105.4 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924125.1
ATGAAGATGCTTCCGTTGATGAAGAAAGTGCAAGCAGAGATAAGGCGATTGGCCGGAAAGAAAGACATAGAGAAACTCCCAAGAGAGACTATCAAGAAATGTAGCATAAATGGTTATGAAATTGAAGGTGGAAGTATGGTGTTTATCAATGCTTGGGCTATTGCAAGAGACCCCTCCACGTGGGAAAATGCAGATGAGTTCTTGCCGGAGAGATTCTTGGCGGCCGAGATCGACGTGAGGGGTCAGAATCCGACGGTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998715
ATGAAGATGCTTCCGTTGATGAAGAAAGTGCAAGCAGAGATAAGGCGATTGGCCGGAAAGAAAGACATAGAGAAACTCCCAAGAGAGACTATCAAGAAATGTAGCATAAATGGTTATGAAATTGAAGGTGGAAGTATGGTGTTTATCAATGCTTGGGCTATTGCAAGAGACCCCTCCACGTGGGAAAATGCAGATGAGTTCTTGCCGGAGAGATTCTTGGCGGCCGAGATCGACGTGAGGGGTCAGAATCCGACGGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780108.1
MKMLPLMKKVQAEIRRLAGKKDIEKLPRETIKKCSINGYEIEGGSMVFINAWAIARDPSTWENADEFLPERFLAAEIDVRGQNPTVIPFGFGRRGCPGIGIPMFEIELALANVLCKFEWEWQCIRRMLFPLFLNSFSKT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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