Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004579`

染色体: Chr08 坐标: 55374841-55375612 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004579`
名称	SmilChr08G004579
描述	transcription factor bHLH52-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	55374841 - 55375612 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999287`
GeneID	`130999287`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999287`
原始查询	`SmilChr08G004579`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH52-like
产物	transcription factor bHLH52-like
Arabidopsis	`AT1G30670` (AT1G30670) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839947] identity=39.3; qcov=0.792; evalue=5.33e-23; confidence=medium
Rice	`Os01g0831000` (LAX1) - identity=42.1; qcov=0.329; evalue=1.58e-11; confidence=low
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999287

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780782.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780782.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780782.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780782.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780782.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:55374959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr8:55375083`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C49
`Chr8:55375083`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C49
`Chr8:55375087`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B82
`Chr8:55375087`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B82
`Chr8:55375089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B119,B87,C3
`Chr8:55375114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr8:55375118`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B82,C2
`Chr8:55375123`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B28
`Chr8:55375123`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B28
`Chr8:55375166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,C49,C53,C85
`Chr8:55375188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780782.1

231 aa

116

231

HLH

PF00010 HLH 120-164 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780782.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	120	164	8.5e-07	29.4	Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924799.1
ATGGCGTTGAGCTACTACTCCAACTGGACCTCTTTTCAGCAGCCAGACTACTCCGGCGATGATCCAGAGCTCCAATCTCTGTTGAACCCGGACGACTATTTCGCCGACTCTCTTCTCTGCGACGATCTCACTTATCATGCTAATGGACTTCCCTTGGAATTGGATAATCTCACAACTGCAACCCAACCCCCACCCTTTCTTTTGCCGCACCAACAACCCTTGTTCCACTTCCCCAAACGCCAAAAGCTCTACGATTACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999287
ATGGCGTTGAGCTACTACTCCAACTGGACCTCTTTTCAGCAGCCAGACTACTCCGGCGATGATCCAGAGCTCCAATCTCTGTTGAACCCGGACGACTATTTCGCCGACTCTCTTCTCTGCGACGATCTCACTTATCATGCTAATGGACTTCCCTTGGAATTGGATAATCTCACAACTGCAACCCAACCCCCACCCTTTCTTTTGCCGCACCAACAACCCTTGTTCCACTTCCCCAAACGCCAAAAGCTCTACGATTACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780782.1
MALSYYSNWTSFQQPDYSGDDPELQSLLNPDDYFADSLLCDDLTYHANGLPLELDNLTTATQPPPFLLPHQQPLFHFPKRQKLYDYSLPEFVLPPPLPQFPAADFSCESAKNETSLSAQSIAARQRRRKVTVKTQELGKLVPGGQRMNTAEMLQSAYNYIKFLQAQVALLEFLGSHHQEVPFEGEEELQNLLESPLIQEKLYSTQHCLLPNKLAEQVPLLKSNPHLLENDH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器