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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004581

染色体: Chr08 坐标: 55393664-55403933 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004581
名称SmilChr08G004581
描述uncharacterized SmilChr08G004581
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55393664 - 55403933 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999277
GeneID130999277
locus_tag-
NCBI NameLOC130999277
原始查询SmilChr08G004581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=27.5; qcov=0.155; evalue=1.8e-08; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=42.5; qcov=0.106; evalue=3.52e-19; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780767.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057780767.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057780767.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780767.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057780767.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55395931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr8:55395950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B91,C21,C29,C36,D6
Chr8:55396000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B134,B16,B65
Chr8:55396128 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 18 A13,B105,B114,B133,B16,B34,B53,B61,B86,C11,C13,C25,C36,C51,C54,C69,D2,D7
Chr8:55396173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr8:55396231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C13,C69
Chr8:55396691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr8:55396693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr8:55396773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr8:55396789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr8:55396817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr8:55396847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780767.1
890 aa
N
1
445
890
PEG10_N-capsid
C
PF03732 PEG10_N-capsid 67-139 aa
XP_057780768.1
890 aa
N
1
445
890
PEG10_N-capsid
C
PF03732 PEG10_N-capsid 67-139 aa
XP_057780769.1
890 aa
N
1
445
890
PEG10_N-capsid
C
PF03732 PEG10_N-capsid 67-139 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780767.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 67 139 5.5e-09 37.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057780768.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 67 139 5.5e-09 37.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057780769.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 67 139 5.5e-09 37.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924786.1
CCATCCATGGCGACTATTGTAGTAAATGGGCTTTGCCCCACCGGTCTCCGGCCGCTCCTCCGCCGCAAGATGGCCGTCGCGAGGCGGCCAACTCGCGACGGCCCGTCACTTGCTTTGCATGTCAAAGGAGGCGGCTTGAAGATGAATGGTAGTTTGAGCACAGAAGATAACTCCGAGCTGTTGAAAGAGTCAATGGGATTGGACGACCGCGGCTCGCCACGGTGGTTTTCGCCTTTGGAGAGTGGCCGGAGGTCGCCGAC...
XM_057924785.1
CCATCCATGGCGACTATTGTAGTAAATGGGCTTTGCCCCACCGGTCTCCGGCCGCTCCTCCGCCGCAAGATGGCCGTCGCGAGGCGGCCAACTCGCGACGGCCCGTCACTTGCTTTGCATGTCAAAGGAGGCGGCTTGAAGATGAATGGTAGTTTGAGCACAGAAGATAACTCCGAGCTGTTGAAAGAGTCAATGGGATTGGACGACCGCGGCTCGCCACGGTGGTTTTCGCCTTTGGAGAGTGGCCGGAGGTCGCCGAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999277
ATGGCTACTAATGAACAGATTCGTGCTTTACAGGAGCAGCTGCAACAGCTGTTAGACGCTCAAGCTGCTAAAGAGGCTCAGAAACAACCAGCCATCAATGAAGCGTTCATTCCGCAATATGTGTATCAGGAGCCTCCACGAGTGAACGTTAACAACTTTGAGCTGAAAACGGGTTTGATCACGATGGTCCGACAGAGCCAATATGGTGGACAAGCGATCGAAGACCCTAATGCGCACCTGGCGCATTTCCTGGAGCTGTG...
LOC130999277
ATGGCTACTAATGAACAGATTCGTGCTTTACAGGAGCAGCTGCAACAGCTGTTAGACGCTCAAGCTGCTAAAGAGGCTCAGAAACAACCAGCCATCAATGAAGCGTTCATTCCGCAATATGTGTATCAGGAGCCTCCACGAGTGAACGTTAACAACTTTGAGCTGAAAACGGGTTTGATCACGATGGTCCGACAGAGCCAATATGGTGGACAAGCGATCGAAGACCCTAATGCGCACCTGGCGCATTTCCTGGAGCTGTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057780767.1
MATNEQIRALQEQLQQLLDAQAAKEAQKQPAINEAFIPQYVYQEPPRVNVNNFELKTGLITMVRQSQYGGQAIEDPNAHLAHFLELCSTVKMNGVPDDIIRLRLFPFSLRDKAKSWYHTLQLGENIVWEDLAHAFLRKFHPPGLTLKLKMDIVQFQQYDGKKLAESWERYQEKLRKCPSHGFDEGTLIIMFYNACGERTRMHLDTAAGGSLLQKGSSEAWNIIESMAATSYQWPVERVQLKRVAAASSSDPMAAMVTQQA...
XP_057780768.1
MATNEQIRALQEQLQQLLDAQAAKEAQKQPAINEAFIPQYVYQEPPRVNVNNFELKTGLITMVRQSQYGGQAIEDPNAHLAHFLELCSTVKMNGVPDDIIRLRLFPFSLRDKAKSWYHTLQLGENIVWEDLAHAFLRKFHPPGLTLKLKMDIVQFQQYDGKKLAESWERYQEKLRKCPSHGFDEGTLIIMFYNACGERTRMHLDTAAGGSLLQKGSSEAWNIIESMAATSYQWPVERVQLKRVAAASSSDPMAAMVTQQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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