Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004592

染色体: Chr08 坐标: 55481373-55483876 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004592
名称SmilChr08G004592
描述uncharacterized SmilChr08G004592
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55481373 - 55483876 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999294
GeneID130999294
locus_tag-
NCBI NameLOC130999294
原始查询SmilChr08G004592

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837609]; symbol=AT1G10660; hit=AT1G10660; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837609]; symbol=AT1G10660; hit=AT1G10660; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G10660 (AT1G10660)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837609]
identity=47.3; qcov=0.505; evalue=3.5e-09; confidence=low
RiceOs01g0171800
-
identity=39.2; qcov=0.679; evalue=7.87e-09; confidence=low
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999294

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057780786.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057780786.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057780786.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780786.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780786.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55482514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr8:55482844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924806.1
TCTGCTGCAGCTTTTTATCTACCACAAGTAAGTTAATCTGAATTCTACATATACATACTACGATTAAGTATGTACTTCTTTGTTTTGGGCGACAGATTAATGATCATTTGCCTGCGGTTTATCTGTGCAAGTGAGTTCATTTGCTCAGGTGCTTGACACAACTGCGATGCTCAGTGTTGTTCCCCCAAGATACAAGTGGACTGGTGGAGAGATTGGTTTCTCCACAGCTATTGGCAAGCAAGATACAAGAGCCTTCCATT...
XM_057924804.1
TCTGCTGCAGCTTTTTATCTACCACAAGTAAGTTAATCTGAATTCTACATATACATACTACGATTAAGTATGTACTTCTTTGTTTTGGGCGACAGATTAATGATCATTTGCCTGCGGTTTATCTGTGCAAGTGAGTTCATTTGCTCAGGTGCTTGACACAACTGCGATGCTCAGTGTTGTTCCCCCAAGATACAAGTGGACTGGTGGAGAGATTGGTTTCTCCACAGCTATTGGCAAGCAAGATACAAGAGCCTTCCATT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999294
ATGGAGAATTCCGGAGCGGTGGAGGGAATCGAATACTGGCTGCAGTGGCAGGTACTGCTTTGCGCCTTCGCCTTTATCGCCATGGCTTACTTGCTCTACGAGACTGTTGCTGCCTTCGGATTCTTCGTCTTCTTTTTCTACACTCAGTGGACGTTTGCACTGGTGGTAGTATACTTTGCGATTGCTACTGTGGTCTCGATTCGGGGATGTAGGAGGAAACCCATTCAGACTGGGGAGAAGGATAATTTACTGAAAAAAGG...
LOC130999294
ATGGAGAATTCCGGAGCGGTGGAGGGAATCGAATACTGGCTGCAGTGGCAGGTACTGCTTTGCGCCTTCGCCTTTATCGCCATGGCTTACTTGCTCTACGAGACTGTTGCTGCCTTCGGATTCTTCGTCTTCTTTTTCTACACTCAGTGGACGTTTGCACTGGTGGTAGTATACTTTGCGATTGCTACTGTGGTCTCGATTCGGGGATGTAGGAGGAAACCCATTCAGACTGGGGAGAAGGATAATTTACTGAAAAAAGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057780786.1
MENSGAVEGIEYWLQWQVLLCAFAFIAMAYLLYETVAAFGFFVFFFYTQWTFALVVVYFAIATVVSIRGCRRKPIQTGEKDNLLKKGHGREAWISRKSTANHLSIHYCD
XP_057780787.1
MENSGAVEGIEYWLQWQVLLCAFAFIAMAYLLYETVAAFGFFVFFFYTQWTFALVVVYFAIATVVSIRGCRRKPIQTGEKDNLLKKGHGREAWISRKSTANHLSIHYCD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器