当前解析结果
SmilChr08G004607| 统一基因 ID | SmilChr08G004607 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004607 |
| 描述 | putative late blight resistance protein homolog R1A-10 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 55643393 - 55646012 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998738 |
|---|---|
| GeneID | 130998738 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130998738 |
| 原始查询 | SmilChr08G004607 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative late blight resistance protein homolog R1A-10 |
| 产物 | putative late blight resistance protein homolog R1A-10 |
| 拟南芥 | AT3G46530 (RPP13)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=40.06; qcov=0.389; evalue=1.56e-66; confidence=low |
| 水稻 | Os07g0186500- identity=28.36; qcov=0.872; evalue=1.95e-73; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998738 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞膜 | 0.80000 | SmilChr08G004607.1 |
| 2 | 细胞质基质 | 0.20000 | SmilChr08G004607.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:55643396 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B69,C44 |
Chr8:55643396 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B69,C44 |
Chr8:55643429 |
TA |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B1,B132 |
Chr8:55643438 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 25 | A20,A25,B126,B133,B16,B2,B20,B28,B33,B49,B54,B60,B64,B82,B87,B9,C29,C32,C42,C46,C5,C56,C65,C68,D10 |
Chr8:55643441 |
AAG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A20,A25,B126,B133,B20,B28,B54,B64,B87,C29,C42,C46,C5,C56,C65,D10 |
Chr8:55643444 |
TAA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B16,B2,B33,B49,B60,B69,B82,C32,C68 |
Chr8:55643457 |
TG |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B1,B132,B71,C62,C9 |
Chr8:55643465 |
GC |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B69,B71,C62,C9 |
Chr8:55643473 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B1,B132 |
Chr8:55643473 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B1,B132 |
Chr8:55643482 |
G |
GAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A20,A25,B126,B20,B28,B54,B64,B87,C29,C42,C46,C56,C65,D10 |
Chr8:55643484 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 15 | A20,A25,B126,B20,B28,B54,B64,B83,B87,C29,C42,C46,C56,C65,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
SmilChr08G004607.1PF00931
NB-ARC 137-302 aa
PF23559
WHD_DRP 386-457 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G004607.1XP_057780130.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 137 | 302 | 4.9e-43 | 147.4 | NB-ARC domain |
SmilChr08G004607.1XP_057780130.1 |
Pfam | PF23559 |
WHD_DRP | Domain | 386 | 457 | 3.7e-21 | 75.6 | Disease resistance protein Winged helix domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。