当前解析结果
SmilChr08G004618| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004618 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004618 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G004618 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 55732002 - 55734583 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998745 |
|---|---|
| GeneID | 130998745 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998745 |
| 原始查询 | SmilChr08G004618 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=50; qcov=0.138; evalue=3.95e-32; confidence=weak |
| Rice | Os04g0191000- identity=35; qcov=1.04; evalue=1e-144; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF19259 (Ty3_capsid) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998745 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057780136.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057780136.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780136.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780136.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780136.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:55732050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B9,C22,C59,D4 |
Chr8:55732075 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr8:55732099 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:55732103 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C63 |
Chr8:55732103 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr8:55732108 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B37,D11 |
Chr8:55732134 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,B85,D6 |
Chr8:55732182 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,C47,D11 |
Chr8:55732193 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 80 | A14,A19,A21,A24,A25,A6,A7,A8,B10,B101,B107,B110,B12,B121,B122,B13,B133,B137,B138,B140,B18,B2,B20,B23,B28,B30,B32,B33,B36,B4,B41,B47,B50,B51,B54,B57,B66,B67,B68,B7,B70,B72,B77,B79,B83,B86,B87,B88,B9,B98,B99,C13,C15,C18,C22,C28,C3,C4,C42,C45,C48,C53,C54,C56,C6,C60,C63,C67,C70,C76,C77,C83,C85,C87,D11,D2,D3,D4,D5,D6 |
Chr8:55732245 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,B85 |
Chr8:55732256 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr8:55732258 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780136.1PF03732
PEG10_N-capsid 66-137 aa
PF19259
Ty3_capsid 88-214 aa
PF08284
RVP_2 373-457 aa
PF00078
RVT_1 609-719 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780136.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 66 | 137 | 3.3e-15 | 56.9 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057780136.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 88 | 214 | 1.2e-13 | 51.7 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057780136.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 373 | 457 | 1.3e-09 | 38.7 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057780136.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 609 | 719 | 9.7e-22 | 78.5 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。