Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004620`

染色体: Chr08 坐标: 55740666-55743596 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004620`
名称	SmilChr08G004620
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	55740666 - 55743596 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998747`
GeneID	`130998747`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998747`
原始查询	`SmilChr08G004620`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=30.6; qcov=0.703; evalue=4.25e-68; confidence=low
Rice	`Os11g0633500` - identity=32.4; qcov=0.484; evalue=1.91e-70; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998747

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057780139.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057780139.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780139.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780139.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780139.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:55740729`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B46,B53,C78,C79
`Chr8:55740751`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B43
`Chr8:55740752`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B43
`Chr8:55740752`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B43
`Chr8:55740761`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	C20,C41,C50,C74
`Chr8:55740761`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	C20,C41,C50,C74
`Chr8:55740909`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B39,B63,B76
`Chr8:55740993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B33,B37,C68
`Chr8:55741052`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B71,B89,B91,C83
`Chr8:55741075`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B91,C83
`Chr8:55741086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B71,B91,C55,C83
`Chr8:55741142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780139.1

976 aa

488

976

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 155-320 aa PF23559 WHD_DRP 404-475 aa PF23598 LRR_14 558-860 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780139.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	155	320	4.5e-41	141.0	NB-ARC domain
`XP_057780139.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	404	475	7.1e-21	74.8	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057780139.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	558	860	5.7e-16	58.9	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924156.1
ATGGCAGCTTATGCAGCTCTGGTTTCTGTGATGAACATCATTGAGCAGATGATGAGCCATCCTCGCCTTTCAACTGCTCTCGACAAGAAACAGATTGAATCCCTTGGGGCAAAGGCTGATGGCTTGCTCGAATTGATTACCAACACTAATATTGACGGAGGTAACAAAGAAGCATCAGATCTGGAGAGTCAAATCGCATCTGCAGCTCACGCAGCTGAAGATGTGATTGAATCGCACATTGTCGATCAAATTCCTGCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998747
ATGGCAGCTTATGCAGCTCTGGTTTCTGTGATGAACATCATTGAGCAGATGATGAGCCATCCTCGCCTTTCAACTGCTCTCGACAAGAAACAGATTGAATCCCTTGGGGCAAAGGCTGATGGCTTGCTCGAATTGATTACCAACACTAATATTGACGGAGGTAACAAAGAAGCATCAGATCTGGAGAGTCAAATCGCATCTGCAGCTCACGCAGCTGAAGATGTGATTGAATCGCACATTGTCGATCAAATTCCTGCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780139.1
MAAYAALVSVMNIIEQMMSHPRLSTALDKKQIESLGAKADGLLELITNTNIDGGNKEASDLESQIASAAHAAEDVIESHIVDQIPAGDCQASHGCSLLDLQQIIEEMDGIMRKGAELKEKWRAREEQAAHGDMDVVEEKQPLTTTTGKASPVGLEDDVISIMDKLTIHQPKQQIISIVGMGGMGKTTLALNVYENSFIKEHFDIRAWATVSQQYSAQEIFSKLLSSIGQSGSGNDLGLKLHQTLCGRRYLIVLDDIWSVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器