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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004628

染色体: Chr08 坐标: 55811465-55814595 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004628
名称SmilChr08G004628
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55811465 - 55814595 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999322
GeneID130999322
locus_tag-
NCBI NameLOC130999322
原始查询SmilChr08G004628

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G62670 (RPF2)
rna processing factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842564]
identity=35.8; qcov=0.847; evalue=2.25e-128; confidence=medium
RiceOs08g0107800
-
identity=33.6; qcov=0.853; evalue=9.07e-104; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999322

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057780821.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057780821.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780821.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780821.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780821.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55811835 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 14 A14,B108,B117,B122,B126,B128,B22,B24,B59,B60,B79,C19,C57,C70
Chr8:55811836 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 16 A8,B110,B12,B124,B136,B137,B138,B139,B24,B70,B75,B86,B88,C50,C82,D8
Chr8:55811868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B78,C85
Chr8:55812654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B120,B73,C18,C83
Chr8:55812691 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 17 A15,A3,B102,B132,B133,B137,B18,B24,B41,B46,B67,B76,C11,C54,C69,C70,C82
Chr8:55812736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B9,C34,C5,C8
Chr8:55812749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B65,C29
Chr8:55812762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:55812803 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B101,C27,C84
Chr8:55812803 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B101,C27,C84
Chr8:55812981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C35,D5
Chr8:55812990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,C18,C23,C35,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780821.1
659 aa
N
1
330
659
TPR_24
PPR_2
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
TPR_24
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF23276 TPR_24 99-222 aa PF13041 PPR_2 162-212 aa PF12854 PPR_1 196-223 aa PF13812 PPR_3 197-245 aa PF13041 PPR_2 198-249 aa PF01535 PPR 201-227 aa PF17177 PPR_long 208-350 aa PF12854 PPR_1 233-261 aa PF13812 PPR_3 234-280 aa PF13041 PPR_2 235-284 aa PF23276 TPR_24 237-327 aa PF01535 PPR 239-268 aa PF12854 PPR_1 266-298 aa PF13041 PPR_2 270-319 aa PF01535 PPR 273-300 aa PF13812 PPR_3 294-352 aa PF12854 PPR_1 302-334 aa PF13041 PPR_2 305-353 aa PF01535 PPR 309-336 aa PF13812 PPR_3 332-388 aa PF12854 PPR_1 338-365 aa PF13041 PPR_2 340-389 aa PF01535 PPR 343-372 aa PF12854 PPR_1 372-395 aa PF01535 PPR 378-400 aa PF13812 PPR_3 406-455 aa PF12854 PPR_1 408-439 aa PF13041 PPR_2 410-459 aa PF01535 PPR 413-442 aa PF12854 PPR_1 442-474 aa PF01535 PPR 449-478 aa PF23276 TPR_24 450-539 aa PF13041 PPR_2 454-494 aa PF13812 PPR_3 469-528 aa PF12854 PPR_1 476-507 aa PF13041 PPR_2 480-529 aa PF01535 PPR 483-513 aa PF12854 PPR_1 511-542 aa PF13041 PPR_2 515-563 aa PF01535 PPR 518-548 aa PF13812 PPR_3 539-595 aa PF23276 TPR_24 540-632 aa PF12854 PPR_1 546-579 aa PF01535 PPR 553-583 aa PF13041 PPR_2 557-599 aa PF12854 PPR_1 581-613 aa PF13041 PPR_2 585-630 aa PF01535 PPR 588-618 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780821.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 99 222 1.8e-37 128.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 162 212 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 196 223 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 197 245 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 198 249 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 201 227 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 208 350 4.8e-27 95.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 233 261 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 234 280 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 235 284 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 237 327 1.8e-37 128.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 239 268 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 266 298 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 270 319 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 273 300 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 294 352 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 302 334 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 305 353 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 309 336 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 332 388 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 338 365 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 340 389 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 343 372 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 372 395 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 378 400 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 406 455 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 408 439 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 410 459 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 413 442 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 442 474 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 449 478 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 450 539 1.8e-37 128.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 454 494 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 469 528 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 476 507 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 480 529 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 483 513 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 511 542 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 515 563 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 518 548 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 539 595 2.5e-64 214.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780821.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 540 632 1.8e-37 128.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 546 579 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 553 583 4.5e-97 312.5 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 557 599 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 581 613 1.5e-143 466.9 PPR repeat
XP_057780821.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 585 630 4.8e-177 574.8 PPR repeat family
XP_057780821.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 588 618 4.5e-97 312.5 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924838.1
AATCAAATTAATCTGCTTTTGCACTTATCATACACCTTTTTCATTCATCTCTTCCAAACCTTCTCAAAAATTATCACATAAAAATCACGCTGCCATGTTTTTGGGAAGAATTATCTCCAATTCTTCTTTCAATTCATCCACTCTCCCCTTTGCTTCACTACACTCGTTTCTCACCAAACCAAGATTCAATTTTTATAATCTCACCCACCAAATTAGATACATCTCCCCCTATCCCAGATTTAATCTTGATAATCTCAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999322
ATGTTTTTGGGAAGAATTATCTCCAATTCTTCTTTCAATTCATCCACTCTCCCCTTTGCTTCACTACACTCGTTTCTCACCAAACCAAGATTCAATTTTTATAATCTCACCCACCAAATTAGATACATCTCCCCCTATCCCAGATTTAATCTTGATAATCTCAGCCACCAAATCAGATACTTCTCCGCCTACCCCAGATTCGATTTTGGATCTATACGTGAGCCCAACGACGCCGCCGCTCTATTTCGGGAAATGGTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780821.1
MFLGRIISNSSFNSSTLPFASLHSFLTKPRFNFYNLTHQIRYISPYPRFNLDNLSHQIRYFSAYPRFDFGSIREPNDAAALFREMVRTQPLPYASVFSKLLSTVVKMKQYSLALHLIDEMLQRHVPVNHYTLSIAIDCYCRQNRPDCGFAILGIFVKRGFQPTVVTFNTLLKGLLSIERIPEAAKLLGKLSAYQLCEPDEYTYSTIIHGLCKAGDLLQAIDLLCSLEKGKGSCKPNVYAYNIVIDGLCKDGKVNDALQLF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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