当前解析结果
SmilChr08G004657| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004657 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004657 |
| 描述 | cytochrome P450 71A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 56060339 - 56061295 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998763 |
|---|---|
| GeneID | 130998763 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998763 |
| 原始查询 | SmilChr08G004657 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 71A1-like |
| 产物 | cytochrome P450 71A1-like |
| Arabidopsis | AT2G02580 (CYP71B9)cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814788] identity=35.9; qcov=0.988; evalue=1.02e-30; confidence=medium |
| Rice | Os06g0641600- identity=34.3; qcov=1; evalue=7e-31; confidence=low |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998763 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057780152.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780152.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780152.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780152.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780152.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:56060355 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr8:56060372 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr8:56060437 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 69 | A1,A15,A18,A2,A22,A23,A3,B1,B102,B103,B105,B106,B111,B113,B115,B12,B127,B131,B140,B20,B22,B23,B3,B31,B37,B38,B4,B40,B41,B5,B50,B51,B54,B56,B58,B61,B62,B67,B80,B81,B88,B89,B9,B94,B96,B98,B99,C11,C17,C19,C34,C36,C37,C4,C43,C49,C5,C6,C61,C63,C67,C72,C74,C76,C80,C83,C87,C9,D10 |
Chr8:56060441 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,C18,C44,D7 |
Chr8:56060504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,C34 |
Chr8:56060509 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B105,B30 |
Chr8:56060516 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A23,A8,B10,B101,B117,B12,B120,B122,B129,B13,B132,B15,B18,B29,B63,B76,C14,C18,C41,C54,C7,D6 |
Chr8:56060527 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C66 |
Chr8:56060552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,C18 |
Chr8:56060580 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr8:56060584 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A10,A2,B122,B2,B5,B7,C17,C60,C81,D4,D6 |
Chr8:56060592 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C10,C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780152.1PF00067
p450 55-152 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780152.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 55 | 152 | 4.2e-30 | 105.6 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。