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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004676

染色体: Chr08 坐标: 56247329-56250453 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004676
名称SmilChr08G004676
描述alpha N-terminal protein methyltransferase 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56247329 - 56250453 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998770
GeneID130998770
locus_tag-
NCBI NameLOC130998770
原始查询SmilChr08G004676

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha N-terminal protein methyltransferase 1-like
产物alpha N-terminal protein methyltransferase 1-like
ArabidopsisAT5G44450 (AT5G44450)
alpha amino-terminal protein methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834472]
identity=69.1; qcov=0.822; evalue=1.57e-96; confidence=high
RiceOs03g0780900
-
identity=68.1; qcov=0.809; evalue=1.16e-88; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0006480 (N-terminal protein amino acid methylation); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF05891 (Methyltransf_PK); PF08241 (Methyltransf_11); PF13649 (Methyltransf_25)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998770

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780160.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780160.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057780160.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780160.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780160.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780160.1
236 aa
N
1
118
236
Methyltransf_PK
Methyltransf_25
Methyltransf_11
C
PF05891 Methyltransf_PK 35-227 aa PF13649 Methyltransf_25 83-184 aa PF08241 Methyltransf_11 83-188 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780160.1 Pfam PF05891 Methyltransf_PK Family 35 227 3.5e-75 253.0 AdoMet dependent proline di-methyltransferase
XP_057780160.1 Pfam PF13649 Methyltransf_25 Domain 83 184 6.8e-10 40.2 Methyltransferase domain
XP_057780160.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 83 188 3.6e-09 37.9 Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924177.1
ATGACGTTCGGCTGCCCCTTGGATTGGAGCTCATGGAACAGATTATTGTTTTGTTTACATGATGGAAAATGTGAGGTTAGTTTGTTTGTTTTTGTGGAAGAGAAGGGTGTGGAGGCGACGGTGGATGGAGTGCTGGGAGGGTATGGGCATGTGAATAAACCTGATATAGAAGGTAGTGAGGCATTCTTGAACTTGATTTTGGCTGAAAGATTTCCTGATGCTGGCAGTGAAAGACGTCTTAATACTCTTGATTGTGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998770
ATGACGTTCGGCTGCCCCTTGGATTGGAGCTCATGGAACAGATTATTGTTTTGTTTACATGATGGAAAATGTGAGGTTAGTTTGTTTGTTTTTGTGGAAGAGAAGGGTGTGGAGGCGACGGTGGATGGAGTGCTGGGAGGGTATGGGCATGTGAATAAACCTGATATAGAAGGTAGTGAGGCATTCTTGAACTTGATTTTGGCTGAAAGATTTCCTGATGCTGGCAGTGAAAGACGTCTTAATACTCTTGATTGTGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780160.1
MTFGCPLDWSSWNRLLFCLHDGKCEVSLFVFVEEKGVEATVDGVLGGYGHVNKPDIEGSEAFLNLILAERFPDAGSERRLNTLDCGSGIGRVTKNLLIRYFNEVDLLEPVSHFLDTARENLSPENLMVTGDHKAVNFFCVPLQEFTPEAARYDIIWIQWCIGHLSDDDLMSFFDRAKGGLRPGGLFILKENIARNGFVLDSQDKSITRSDLYFKQLFKQCGLHILKTWHHQIRVKG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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