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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004679`

染色体: Chr08 坐标: 56271487-56272458 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004679`
名称	SmilChr08G004679
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20770-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	56271487 - 56272458 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998772`
GeneID	`130998772`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998772`
原始查询	`SmilChr08G004679`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20770-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20770-like
Arabidopsis	`AT4G20770` (AT4G20770) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827825] identity=43; qcov=1; evalue=4.31e-67; confidence=medium
Rice	`Os03g0701400` - identity=28.1; qcov=1.09; evalue=7.63e-39; confidence=low
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998772

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057780162.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780162.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780162.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780162.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780162.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:56271630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B28,B68
`Chr8:56271653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B111,B75
`Chr8:56271654`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr8:56271694`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A11,B28
`Chr8:56271694`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A11,B28
`Chr8:56271735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,C39
`Chr8:56271750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B140,B28,B68,C39
`Chr8:56271774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B28,B68
`Chr8:56272064`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B126,C2,C67
`Chr8:56272208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr8:56272264`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr8:56272266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780162.1

306 aa

153

306

PPR

PPR_1

PPR

PF01535 PPR 46-72 aa PF12854 PPR_1 72-99 aa PF01535 PPR 74-103 aa PF01535 PPR 189-218 aa PF01535 PPR 270-290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780162.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	46	72	5.4e-22	77.1	PPR repeat
`XP_057780162.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	72	99	2e-13	50.5	PPR repeat
`XP_057780162.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	74	103	5.4e-22	77.1	PPR repeat
`XP_057780162.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	189	218	5.4e-22	77.1	PPR repeat
`XP_057780162.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	270	290	5.4e-22	77.1	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924179.1
ATGCAAAGCAGGAATGCCTCTGTTTCGTTGGCGAATTTGCTGCAAAATTGCATAGATCATAAAGCGTACAAGGCAGGAAAAATAATTCAAGCTCAGATTTTTCGCACCGGTAAAATTTCAAATACTTTTCTGGTGAACCGCCTGATTGAGCTATATTCAAAATGCGGCCGTACGTCAGCCGGCCGCCGCCTGTTCGACCAAATGCCTCTGAGAAACATATTCTCCTACCACGCTATTTTAGATTCTTACTGCAAATTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998772
ATGCAAAGCAGGAATGCCTCTGTTTCGTTGGCGAATTTGCTGCAAAATTGCATAGATCATAAAGCGTACAAGGCAGGAAAAATAATTCAAGCTCAGATTTTTCGCACCGGTAAAATTTCAAATACTTTTCTGGTGAACCGCCTGATTGAGCTATATTCAAAATGCGGCCGTACGTCAGCCGGCCGCCGCCTGTTCGACCAAATGCCTCTGAGAAACATATTCTCCTACCACGCTATTTTAGATTCTTACTGCAAATTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780162.1
MQSRNASVSLANLLQNCIDHKAYKAGKIIQAQIFRTGKISNTFLVNRLIELYSKCGRTSAGRRLFDQMPLRNIFSYHAILDSYCKLNDVDNAYQVFDQMPERNSVSWNLIISMLLNGFVPTRFTLASVLSACGGLGNVECGREYHGLATKLGLSANLYVGNALLGMYMKCVSIEDAIMVFEDLPEHNEVSFTAMMEGLVGADRMDEAFDMFRLMHRERIIDCVSLSSVLSVCSKCEFGNGNEGKRHVMHGEQIHGLLVKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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