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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004682

染色体: Chr08 坐标: 56315532-56317087 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004682
名称SmilChr08G004682
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56315532 - 56317087 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998774
GeneID130998774
locus_tag-
NCBI NameLOC130998774
原始查询SmilChr08G004682

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G62670 (RPF2)
rna processing factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842564]
identity=36.2; qcov=1.02; evalue=3.76e-107; confidence=medium
RiceOs01g0783100
-
identity=32; qcov=0.831; evalue=1.82e-75; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998774

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057780164.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057780164.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780164.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780164.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780164.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56315592 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 12 A1,B103,B124,B129,B29,B76,B8,B95,C32,C35,C49,C74
Chr8:56315599 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 12 A1,B103,B124,B129,B29,B76,B8,B95,C32,C35,C49,C74
Chr8:56315623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B78,C85
Chr8:56315751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B101,B78,C85
Chr8:56315830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B85,D1,D7
Chr8:56315846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C49
Chr8:56315849 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B108,B26,C49
Chr8:56315849 A AC 1bp_insertion CDS_variant 3 B108,B26,C49
Chr8:56315873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C49
Chr8:56315874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:56315904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C71
Chr8:56315999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780164.1
497 aa
N
1
248
497
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
C
PF13041 PPR_2 83-132 aa PF01535 PPR 89-114 aa PF13041 PPR_2 153-203 aa PF12854 PPR_1 187-214 aa PF13041 PPR_2 189-240 aa PF01535 PPR 192-218 aa PF17177 PPR_long 194-337 aa PF12854 PPR_1 224-252 aa PF13812 PPR_3 225-271 aa PF13041 PPR_2 226-275 aa PF23276 TPR_24 229-318 aa PF01535 PPR 230-259 aa PF12854 PPR_1 257-289 aa PF01535 PPR 264-290 aa PF13812 PPR_3 286-343 aa PF12854 PPR_1 294-325 aa PF13041 PPR_2 296-344 aa PF01535 PPR 299-327 aa PF13812 PPR_3 328-380 aa PF12854 PPR_1 329-356 aa PF13041 PPR_2 331-380 aa PF01535 PPR 334-363 aa PF12854 PPR_1 363-391 aa PF01535 PPR 369-391 aa PF12854 PPR_1 399-430 aa PF13812 PPR_3 399-446 aa PF13041 PPR_2 401-449 aa PF01535 PPR 404-431 aa PF12854 PPR_1 434-465 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780164.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 83 132 3e-107 351.3 PPR repeat family
XP_057780164.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 89 114 5.8e-66 215.0 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 153 203 3e-107 351.3 PPR repeat family
XP_057780164.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 187 214 1.7e-98 322.7 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 189 240 3e-107 351.3 PPR repeat family
XP_057780164.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 192 218 5.8e-66 215.0 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 194 337 2e-19 70.6 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057780164.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 224 252 1.7e-98 322.7 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 225 271 5e-45 152.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780164.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 226 275 3e-107 351.3 PPR repeat family
XP_057780164.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 229 318 1.1e-21 77.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780164.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 230 259 5.8e-66 215.0 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 257 289 1.7e-98 322.7 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 290 5.8e-66 215.0 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 286 343 5e-45 152.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780164.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 294 325 1.7e-98 322.7 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 344 3e-107 351.3 PPR repeat family
XP_057780164.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 327 5.8e-66 215.0 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 328 380 5e-45 152.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780164.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 329 356 1.7e-98 322.7 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 331 380 3e-107 351.3 PPR repeat family
XP_057780164.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 363 5.8e-66 215.0 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 363 391 1.7e-98 322.7 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 391 5.8e-66 215.0 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 399 430 1.7e-98 322.7 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 399 446 5e-45 152.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780164.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 401 449 3e-107 351.3 PPR repeat family
XP_057780164.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 404 431 5.8e-66 215.0 PPR repeat
XP_057780164.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 434 465 1.7e-98 322.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924181.1
TTCACCTTTCTTCCTCACAAAATCCTATCTCTTATTCTTCCCCAATTCTTCAGCTTCCAATAATGAGGTCGAACCACGCCGCCATGTTTCTGGGTAGAATTTTGTCGAATTCTTCATCTAAATTCTCCACTTTTTCCATCGCCCCTCCACATTATCAATCATTTCTTGGACCCATTTTTCATTTTGATAATGCCAGCTGCCAAATGAGGAGACACTTCTCCGCCTATCCCAGATTCGATTTTGAATCTATACGTGAGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998774
ATGAGGTCGAACCACGCCGCCATGTTTCTGGGTAGAATTTTGTCGAATTCTTCATCTAAATTCTCCACTTTTTCCATCGCCCCTCCACATTATCAATCATTTCTTGGACCCATTTTTCATTTTGATAATGCCAGCTGCCAAATGAGGAGACACTTCTCCGCCTATCCCAGATTCGATTTTGAATCTATACGTGAGCCCAATGATGCCGTCGCTCTATTTCGGAAGATGATGAGAACGGAGCCGCTTCCTTCTGTTATGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780164.1
MRSNHAAMFLGRILSNSSSKFSTFSIAPPHYQSFLGPIFHFDNASCQMRRHFSAYPRFDFESIREPNDAVALFRKMMRTEPLPSVMLFSKLLSAVVKLKQYSDALHLFDKMLQRDAPVNHYTLSIAIDCYCRLKRPDFGFAILGSFFKRGFEPDVVSFNTLLKGLLFVERIPEAAKLLGKLSVYQLCEPDEYTYSTIINGLCKAGDILQAIDLLYSLEKGKGSCKPDVYAYSVVIDGLCKEGKVDDALQLFSSLGDKGIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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