Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004683

染色体: Chr08 坐标: 56317029-56320889 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004683
名称SmilChr08G004683
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56317029 - 56320889 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999339
GeneID130999339
locus_tag-
NCBI NameLOC130999339
原始查询SmilChr08G004683

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物putative late blight resistance protein homolog R1A-10
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=34.6; qcov=0.824; evalue=3.18e-60; confidence=low
RiceOs04g0118800
-
identity=36.4; qcov=0.826; evalue=1.82e-67; confidence=medium
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999339

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057780844.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057780839.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057780843.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780844.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780844.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780839.1
545 aa
N
1
272
545
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 141-311 aa PF23559 WHD_DRP 395-465 aa
XP_057780840.1
545 aa
N
1
272
545
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 141-311 aa PF23559 WHD_DRP 395-465 aa
XP_057780841.1
545 aa
N
1
272
545
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 141-311 aa PF23559 WHD_DRP 395-465 aa
XP_057780842.1
545 aa
N
1
272
545
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 141-311 aa PF23559 WHD_DRP 395-465 aa
XP_057780843.1
511 aa
N
1
256
511
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 176-277 aa PF23559 WHD_DRP 361-431 aa
XP_057780844.1
449 aa
N
1
224
449
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 45-215 aa PF23559 WHD_DRP 299-369 aa
XP_057780845.1
449 aa
N
1
224
449
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 45-215 aa PF23559 WHD_DRP 299-369 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780839.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 141 311 4.6e-43 147.5 NB-ARC domain
XP_057780839.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 395 465 2.4e-16 60.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780840.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 141 311 4.6e-43 147.5 NB-ARC domain
XP_057780840.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 395 465 2.4e-16 60.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780841.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 141 311 4.6e-43 147.5 NB-ARC domain
XP_057780841.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 395 465 2.4e-16 60.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780842.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 141 311 4.6e-43 147.5 NB-ARC domain
XP_057780842.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 395 465 2.4e-16 60.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780843.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 176 277 2.1e-24 86.7 NB-ARC domain
XP_057780843.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 361 431 2.3e-16 60.3 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780844.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 45 215 3.8e-43 147.8 NB-ARC domain
XP_057780844.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 299 369 1.8e-16 60.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780845.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 45 215 3.8e-43 147.8 NB-ARC domain
XP_057780845.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 299 369 1.8e-16 60.7 Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924858.1
ATGTATATGAATTCTTGATTGAAATCAAGATCTTTGTTTTGTCTGAGTTTGTAAGTTGATGTAACAATCATCGGTTCTTTGCCCCAATTAGAAGCTCTCGAGCTAGTTAAATCCGTCAAGGGACAGAAGTGGAGTCCAGTTAACGGGGAGTTTCTCCGCCTTAGATTCTTGAGCATTGTTAAGGGTTAGTCTGAGATTTTGGGATGCATACAGCTCTCATTTCCCAGTTTTGAAGAAGCTTAGGCTTATGGGATTGAAAC...
XM_057924857.1
GTTTTGTCTGAGTTTGTAAGTTGATGTAACAATCATCGGTTCTTTGCCCCAATTAGAAGCTCTCGAGCTAGTTAAATCCGTCAAGGGACAGAAGTGGAGTCCAGTTAACGGGGAGTTTCTCCGCCTTAGATTCTTGAGCATTGTTAAGGGTTAGTCTGAGATTTTGGGATGCATACAGCTCTCATTTCCCAGTTTTGAAGAAGCTTAGGCTTATGGGATTGAAACACTTGGAAGAGATCCCTTTGGATATTGGAGAAATT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130999339
ATGGCTGCAGCTTATGCAGCTCTAGTTTCTCTGATGAATACAGTGGAGCAGATCCAAAACCACCCTCAACTTTCCACTTCTCTTGATCATTTCCAGATTGAGATCCTCCGCGAAAAGGTTTATTTCTTCCTAGATTTTATAGAAAGTTATTCCTCTCATGTAGATGATTTGGAGAGGTGGATTGCAACTGCAGCTCATGCGGCTGAAGATTTATTTGAATCCCATGTTGTTTGGCGAATTCGTACCCACGAAAAAAACAG...
LOC130999339
ATGGCTGCAGCTTATGCAGCTCTAGTTTCTCTGATGAATACAGTGGAGCAGATCCAAAACCACCCTCAACTTTCCACTTCTCTTGATCATTTCCAGATTGAGATCCTCCGCGAAAAGGTTTATTTCTTCCTAGATTTTATAGAAAGTTATTCCTCTCATGTAGATGATTTGGAGAGGTGGATTGCAACTGCAGCTCATGCGGCTGAAGATTTATTTGAATCCCATGTTGTTTGGCGAATTCGTACCCACGAAAAAAACAG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057780839.1
MAAAYAALVSLMNTVEQIQNHPQLSTSLDHFQIEILREKVYFFLDFIESYSSHVDDLERWIATAAHAAEDLFESHVVWRIRTHEKNSLDLQKVIVDMDLVREKVLKVKEERGVRYEQPTANSSRSVASNREAIMVGFGGYLDQLLDLLTGNQSSRQIISIVGMGGTGKTTLAKNTFENSIIKRHFDVRVWVSVSNDYNLSDIFLEALSHLKELTGTIEMDNERDEYRLGEQLYKGLTGRRYLIVLDDVWSVEVWDKIRFY...
XP_057780840.1
MAAAYAALVSLMNTVEQIQNHPQLSTSLDHFQIEILREKVYFFLDFIESYSSHVDDLERWIATAAHAAEDLFESHVVWRIRTHEKNSLDLQKVIVDMDLVREKVLKVKEERGVRYEQPTANSSRSVASNREAIMVGFGGYLDQLLDLLTGNQSSRQIISIVGMGGTGKTTLAKNTFENSIIKRHFDVRVWVSVSNDYNLSDIFLEALSHLKELTGTIEMDNERDEYRLGEQLYKGLTGRRYLIVLDDVWSVEVWDKIRFY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器