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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004697

染色体: Chr08 坐标: 56404252-56406443 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004697
名称SmilChr08G004697
描述gibberellin-regulated protein 14-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56404252 - 56406443 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999379
GeneID130999379
locus_tag-
NCBI NameLOC130999379
原始查询SmilChr08G004697

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gibberellin-regulated protein 14-like
产物gibberellin-regulated protein 14-like
ArabidopsisAT5G14920 (AT5G14920)
Gibberellin-regulated family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831344]
identity=66.1; qcov=0.437; evalue=2.17e-23; confidence=low
RiceOs05g0432200
-
identity=58.7; qcov=0.528; evalue=4.23e-22; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02704 (GASA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999379

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057780893.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780893.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780893.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780893.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780893.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56404653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,D11
Chr8:56404685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,C80
Chr8:56404689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,C80
Chr8:56405960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C49
Chr8:56406020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr8:56406026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780893.1
142 aa
N
1
71
142
GASA
C
PF02704 GASA 82-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780893.1 Pfam PF02704 GASA Family 82 142 5.5e-21 75.2 Gibberellin regulated protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924910.1
AAATAATTAATATTATGCCAGATGCCATCTATATATTAAAACTATCTTCCAAATATCTAGATATGCATATATTTGTTGGCATTAAATTCTGGGACAGGGGCATCAATGTCAAAATGAAGCAAATTACTCTATAAATTCACTACCAAGAGCTGGCTGGACTTCACACCACTAAACACTTTTTCACTTGCAAAAAATACTCATGGCTTCTAAATTGCTTTTTGCACTTGTTTTCTCTCTCTTCTTGCTTTCTCAGGTTTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999379
ATGGCTTCTAAATTGCTTTTTGCACTTGTTTTCTCTCTCTTCTTGCTTTCTCAGGTTTCATCTGATTCAAAGAAGAATGAAGAATCCAGCCATGCTAGCCAAACATCACACGTTTTGAGCAGAGGTGACAGGAAACTAATGCATGCGGTGCTAGATGTCTCGAAGTATTTAAAGGCTCGACTGATACCCCGAGGTGTCGCCCTCGCCCCGGCTCCGGCCCCAAAGCCTAGCCACGGGGCGGTCGACTGCGGCGGGCTATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780893.1
MASKLLFALVFSLFLLSQVSSDSKKNEESSHASQTSHVLSRGDRKLMHAVLDVSKYLKARLIPRGVALAPAPAPKPSHGAVDCGGLCKNRCSLHSRPNRCLRACGTCCARCKCVPPGTFGNREVCGTCYTNMTTHGNMSKCP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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