当前解析结果
SmilChr08G004697| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004697 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004697 |
| 描述 | gibberellin-regulated protein 14-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 56404252 - 56406443 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999379 |
|---|---|
| GeneID | 130999379 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999379 |
| 原始查询 | SmilChr08G004697 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | gibberellin-regulated protein 14-like |
| 产物 | gibberellin-regulated protein 14-like |
| Arabidopsis | AT5G14920 (AT5G14920)Gibberellin-regulated family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831344] identity=66.1; qcov=0.437; evalue=2.17e-23; confidence=low |
| Rice | Os05g0432200- identity=58.7; qcov=0.528; evalue=4.23e-22; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02704 (GASA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999379 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057780893.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780893.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780893.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780893.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780893.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:56404653 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,D11 |
Chr8:56404685 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C65,C80 |
Chr8:56404689 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C65,C80 |
Chr8:56405960 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C17,C49 |
Chr8:56406020 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B19 |
Chr8:56406026 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C74,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780893.1PF02704
GASA 82-142 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780893.1 |
Pfam | PF02704 |
GASA | Family | 82 | 142 | 5.5e-21 | 75.2 | Gibberellin regulated protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。