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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004728

染色体: Chr08 坐标: 56662386-56665360 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004728
名称SmilChr08G004728
描述uncharacterized SmilChr08G004728
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56662386 - 56665360 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999370
GeneID130999370
locus_tag-
NCBI NameLOC130999370
原始查询SmilChr08G004728

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=medium
产物maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G07510 (AT3G07510)
maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]
identity=52.8; qcov=0.688; evalue=9.09e-48; confidence=medium
RiceOs10g0178200
-
identity=52.4; qcov=0.701; evalue=3.3e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999370

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057780885.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780885.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780885.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780885.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56663071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B16,D7
Chr8:56663876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:56663877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr8:56663938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,C23,C41
Chr8:56664032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C86
Chr8:56664046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr8:56664066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:56664067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:56664090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B2,B82,D7
Chr8:56664128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,C44
Chr8:56664194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B132,B138,B41,C4
Chr8:56664345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924902.1
GGGAGTTCACAATTTTTCAAATTGATTTCAAATCAATTTCAAAATTGAGTGGCAAATTTGTGATTATAATAAAATTAAAGGTTTATTTATAAGATATACATATTTTTTTTCTTTTTCTTTAAATTTTTATTTTTCTTATTTCTTTTCTAAAATTATGAAATTCGACTAATTATAAAATATTTGATATGCGTATCAAATTAAAGATCATGACGAGAGTTTTAATTTGATATATGTTATGTAAATATTATATTTAAAATATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999370
ATGCAAAAACGGCTGTCTGTAGCTCCGGTAGATTCTCCAACTATCAACGGGATGGAGTCTCAAAACAACACACCGGAGATCACCGCCGCCGCCGATGCCGACGCAGCACCTGAACCCTCCTCCTCCTCCACCGCCGCCGTCGCCTCCGCCAGCCGGCTGTCGAGCGTGCACGTGACGGCCCTCGACGGCATCGTGAGCGTGAACTCCCTCTTCACCATGTCCATCTTCATCGGCTTCTCCCTCACGGTGCCGGAGACGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780885.1
MQKRLSVAPVDSPTINGMESQNNTPEITAAADADAAPEPSSSSTAAVASASRLSSVHVTALDGIVSVNSLFTMSIFIGFSLTVPETATAASRPECTASPGTVRRLIVYEVAAFSFFLFSSLIAQSLKLSINLINSMDPTDPHKADIDPDFLKYGLFGSAVGSVAGCVFLMLSIVEFIQVKLGVYSCGGKPVHALATLVVFVGAGLLVYLTTAVYASFFIEVSTKAAEEEEEAAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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