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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004742

染色体: Chr08 坐标: 56781040-56783384 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004742
名称SmilChr08G004742
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56781040 - 56783384 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999406
GeneID130999406
locus_tag-
NCBI NameLOC130999406
原始查询SmilChr08G004742

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G62670 (RPF2)
rna processing factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842564]
identity=34.6; qcov=0.919; evalue=2.66e-125; confidence=low
RiceOs10g0495200 (Rf4)
-
identity=31.2; qcov=0.875; evalue=3.57e-103; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057780911.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057780911.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780911.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780911.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780911.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56781225 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C69
Chr8:56781225 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C69
Chr8:56781228 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 1 C69
Chr8:56781228 G GCC 2bp_insertion CDS_variant 1 C69
Chr8:56781241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B122,B23,B44,C12
Chr8:56781262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C76,D8
Chr8:56781279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C28
Chr8:56781333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C15,C22,C28,C46
Chr8:56781358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A19,B1,B74,C27
Chr8:56781389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B69,B99,C22
Chr8:56781393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B69,B99
Chr8:56781418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780911.1
682 aa
N
1
341
682
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_2
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 83-132 aa PF01535 PPR 88-114 aa PF13041 PPR_2 153-203 aa PF01535 PPR 156-180 aa PF12854 PPR_1 187-214 aa PF13041 PPR_2 189-240 aa PF01535 PPR 192-218 aa PF12854 PPR_1 224-252 aa PF13812 PPR_3 225-271 aa PF13041 PPR_2 226-275 aa PF23276 TPR_24 228-317 aa PF01535 PPR 230-259 aa PF13812 PPR_3 250-305 aa PF12854 PPR_1 257-289 aa PF13041 PPR_2 261-310 aa PF01535 PPR 264-292 aa PF23276 TPR_24 266-357 aa PF13812 PPR_3 285-341 aa PF13041 PPR_2 296-344 aa PF01535 PPR 299-327 aa PF13812 PPR_3 323-378 aa PF12854 PPR_1 329-356 aa PF13041 PPR_2 331-380 aa PF01535 PPR 334-363 aa PF12854 PPR_1 363-391 aa PF13041 PPR_2 366-414 aa PF01535 PPR 369-391 aa PF13812 PPR_3 396-446 aa PF13041 PPR_2 401-449 aa PF01535 PPR 404-431 aa PF12854 PPR_1 434-465 aa PF01535 PPR 440-469 aa PF23276 TPR_24 441-526 aa PF13041 PPR_2 445-485 aa PF13812 PPR_3 460-521 aa PF12854 PPR_1 467-498 aa PF13041 PPR_2 471-518 aa PF01535 PPR 474-504 aa PF13041 PPR_2 506-555 aa PF12854 PPR_1 537-567 aa PF01535 PPR 544-574 aa PF13041 PPR_2 548-590 aa PF23276 TPR_24 568-658 aa PF13812 PPR_3 569-619 aa PF12854 PPR_1 572-605 aa PF01535 PPR 579-609 aa PF13041 PPR_2 583-625 aa PF12854 PPR_1 608-639 aa PF13041 PPR_2 611-657 aa PF01535 PPR 614-644 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 83 132 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 88 114 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 153 203 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 156 180 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 187 214 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 189 240 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 192 218 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 224 252 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 225 271 2.7e-70 233.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 226 275 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 228 317 3.6e-37 128.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 230 259 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 250 305 2.7e-70 233.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 257 289 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 261 310 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 292 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 266 357 3.6e-37 128.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780911.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 285 341 2.7e-70 233.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 344 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 327 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 323 378 2.7e-70 233.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 329 356 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 331 380 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 363 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 363 391 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 366 414 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 391 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 396 446 2.7e-70 233.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 401 449 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 404 431 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 434 465 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 440 469 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 441 526 3.6e-37 128.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 445 485 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 460 521 2.7e-70 233.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 467 498 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 471 518 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 474 504 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 506 555 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 537 567 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 544 574 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 548 590 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 568 658 3.6e-37 128.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780911.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 569 619 2.7e-70 233.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 572 605 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 579 609 3.2e-105 338.0 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 583 625 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 608 639 1.8e-147 479.3 PPR repeat
XP_057780911.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 611 657 2.7e-187 607.6 PPR repeat family
XP_057780911.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 614 644 3.2e-105 338.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924928.1
TACTTTACCCTTCTTCCCCAGCTAGCACTTCCAATTCCCCAAATCTCGTTTTTCACCTTTCTTCTCACAAAACCCTATCTCTCCTTCTTCAACAGCGACCTTCCCCAATTCTTCAGCTTTTAATTTCAGTGGTCACAACTACAAAACTATCCCAAGAATGAGGTCTAACCACGCCGCCATATTTCTCGGTAGAATTTTGTCGAATTCTTCATCTAAATTCTCCACTTTTGCCATCACTTCTCCACATTATCAATCATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999406
ATGAGGTCTAACCACGCCGCCATATTTCTCGGTAGAATTTTGTCGAATTCTTCATCTAAATTCTCCACTTTTGCCATCACTTCTCCACATTATCAATCATTTCTTCTACCCAGTTTTCATTTTGATAATGCCAGCTGCCAAATGAGGAGACACTTCTCCGCCTATCCCAGATTCGATTTTGAATCTATACGTGAACCCAATGATGCCGTCGCTCTATTTCAGGATATGATGAGAACGGAGACGCTTCCTTCTGTTAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780911.1
MRSNHAAIFLGRILSNSSSKFSTFAITSPHYQSFLLPSFHFDNASCQMRRHFSAYPRFDFESIREPNDAVALFQDMMRTETLPSVKLFSRLLSAVVKLKQYSAALHLFDEMLQRDAPVNHYTLSIAIDCYCRLKRPDFGFAILGSFFKRGFEPTVVTFNTLVKGLLFVGRIPEAAKLLGKLSAYQLCQPDEYTYSTIINGLCKAGDILQAIDLLCSLEKGKGSCKPNVYAYSAVIDSLCKEGKVDDALQLFSSLGDKGIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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