Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN
同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004752

染色体: Chr08 坐标: 56881113-56884824 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G004752
名称SmilChr08G004752
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56881113 - 56884824 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999420
GeneID130999420
locus_tag-
NCBI 名称LOC130999420
原始查询SmilChr08G004752

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
拟南芥AT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=36.06; qcov=0.941; evalue=1.96e-132; confidence=medium
水稻Os08g0107800
-
identity=30.16; qcov=0.867; evalue=2.62e-87; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999420

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 线粒体 1.00000 SmilChr08G004752.1
2 叶绿体 0.20000 SmilChr08G004752.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56882974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr8:56883018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:56883052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:56883154 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C22
Chr8:56883154 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 C22
Chr8:56883280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B91
Chr8:56883281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr8:56883300 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B121,C25,C77
Chr8:56883300 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 B121,C25,C77
Chr8:56883343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A18,B87,D10,D11
Chr8:56883379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:56883401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G004752.1
来源蛋白: XP_057780924.1
610 aa
N
1
305
610
PPR
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 88-112 aa PF13041 PPR_2 151-201 aa PF01535 PPR 154-177 aa PF12854 PPR_1 185-202 aa PF01535 PPR 191-218 aa PF23276 TPR_24 214-315 aa PF13812 PPR_3 219-269 aa PF12854 PPR_1 223-250 aa PF13041 PPR_2 224-273 aa PF01535 PPR 227-257 aa PF12854 PPR_1 255-287 aa PF13041 PPR_2 259-308 aa PF01535 PPR 262-288 aa PF13812 PPR_3 283-341 aa PF12854 PPR_1 293-323 aa PF13041 PPR_2 294-341 aa PF01535 PPR 298-325 aa PF12854 PPR_1 327-354 aa PF13041 PPR_2 329-378 aa PF01535 PPR 332-362 aa PF13812 PPR_3 352-389 aa PF12854 PPR_1 361-389 aa PF13041 PPR_2 364-411 aa PF01535 PPR 367-389 aa PF13812 PPR_3 394-444 aa PF12854 PPR_1 396-428 aa PF13041 PPR_2 399-447 aa PF01535 PPR 402-429 aa PF12854 PPR_1 432-463 aa PF01535 PPR 438-467 aa PF13041 PPR_2 438-483 aa PF23276 TPR_24 439-503 aa PF13812 PPR_3 457-495 aa PF12854 PPR_1 465-496 aa PF13041 PPR_2 469-518 aa PF01535 PPR 472-501 aa PF17177 PPR_long 485-602 aa PF23276 TPR_24 490-590 aa PF13812 PPR_3 493-547 aa PF12854 PPR_1 500-532 aa PF13041 PPR_2 505-553 aa PF01535 PPR 507-537 aa PF12854 PPR_1 535-568 aa PF13041 PPR_2 539-583 aa PF01535 PPR 542-572 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 88 112 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 151 201 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 154 177 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 185 202 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 191 218 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 214 315 1.8e-32 112.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 219 269 1.2e-63 211.8 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 223 250 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 224 273 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 227 257 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 255 287 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 259 308 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 262 288 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 283 341 1.2e-63 211.8 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 293 323 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 294 341 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 298 325 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 327 354 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 329 378 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 332 362 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 352 389 1.2e-63 211.8 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 361 389 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 364 411 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 367 389 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 394 444 1.2e-63 211.8 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 396 428 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 399 447 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 402 429 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 432 463 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 438 467 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 438 483 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 439 503 1.8e-32 112.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 457 495 1.2e-63 211.8 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 465 496 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 469 518 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 472 501 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 485 602 4.5e-28 98.8 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 490 590 1.8e-32 112.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 493 547 1.2e-63 211.8 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 500 532 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 505 553 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 507 537 4.3e-92 296.9 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 535 568 8.8e-121 394.0 PPR repeat
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 539 583 1.2e-152 496.7 PPR repeat family
SmilChr08G004752.1
XP_057780924.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 542 572 4.3e-92 296.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924941.1
GCTTTTGTACTCATCTTATCATCATACACCTTTTTCATTCATCTCTTCCAAACCTTCTCAAAAATTATCACATAAAAAGAAAAATTTGAGTGAGAATGAGTCGGAATCACGCTGCCATGATTTTGGGAAGAATTATCTCCAATTCTCCTTTAAATTCATCCACTCTCCCCATTGCTTCTCCACACTCGTTTCTTACCAAACCCAGATTCCATTTTGATAATCTCAGCTACCAAATTAGATACTTCTCCCCCTATCCCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
SmilChr08G004752.1 (XP_057780924.1)
ATGAGTCGGAATCACGCTGCCATGATTTTGGGAAGAATTATCTCCAATTCTCCTTTAAATTCATCCACTCTCCCCATTGCTTCTCCACACTCGTTTCTTACCAAACCCAGATTCCATTTTGATAATCTCAGCTACCAAATTAGATACTTCTCCCCCTATCCCAGATTCAATCTTGAATCTATACGTGAGCCCAATGATGCCGTCGCTCTATTTCGGGATATGATGAGAACGGAGCCGCTTCCTTCTATTAAGCTTTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
SmilChr08G004752.1 (XP_057780924.1)
MSRNHAAMILGRIISNSPLNSSTLPIASPHSFLTKPRFHFDNLSYQIRYFSPYPRFNLESIREPNDAVALFRDMMRTEPLPSIKLFSKLLSVVVKMRQYSLALHLFDEMLQRNAPVDHYILSIAIDCYCRLKRPDFGFAILGIFFKRGYEPTVVTFNTLVKGLLLVGRFPEAAKVLWKLSVYQLCEPNERTYNTMVNGVCKAVGTLKALELLCLLEEEKGIWKPNIYSYSAVIDGLCKEGKVDDALRLFSSLGDKGISPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器