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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004753

染色体: Chr08 坐标: 56881335-56882296 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004753
名称SmilChr08G004753
描述uncharacterized SmilChr08G004753
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56881335 - 56882296 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999421
GeneID130999421
locus_tag-
NCBI NameLOC130999421
原始查询SmilChr08G004753

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=high
产物maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G07510 (AT3G07510)
maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]
identity=81; qcov=0.932; evalue=5.6e-89; confidence=high
RiceOs10g0178200
-
identity=64; qcov=0.896; evalue=1.03e-67; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999421

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057780925.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057780925.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057780925.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780925.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780925.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56881679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr8:56881754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr8:56881970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A20,B72,C50,D2
Chr8:56881976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:56882027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr8:56882034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B37,B73,C38,D6
Chr8:56882046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:56882048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B60,B85
Chr8:56882049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:56882055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B60,B85
Chr8:56882083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:56882113 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 9 A21,B27,B69,B87,C35,C54,C74,D2,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924942.1
GGAAAATATAAGTTGTACCTTCGCCGCAATGTACAACCTCTCCAAGCAACACTCCTCCGCAGCTCCACCGACGAATTCCACCTGAAAAATATCCAACCCCCAAATTTTCCGGCTGCCTCCGCAACCCTCAACAATGTCGGCATCTGCAGATGACGACTACCCGAAACCCTACTCCCCGCCGCGCTCCGGCGGCGTCGCGGCGGCCGCCACCACGAGCGTCCACGTGACCGCCCTGGACGGCCTGGTGAACGTGAACTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999421
ATGTCGGCATCTGCAGATGACGACTACCCGAAACCCTACTCCCCGCCGCGCTCCGGCGGCGTCGCGGCGGCCGCCACCACGAGCGTCCACGTGACCGCCCTGGACGGCCTGGTGAACGTGAACTCCCTCTTCACCATCGCCGTCTTCGTCGGCCTCTCCCTCGCGACGCCGGGGCAGCACAGCCTCGAGAACCCCTCCGCCTGCGACGCCGGCGTCGACGTGGCGAAGAAGCTGCTGGTCTTCGAGGTGGTGTCGTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780925.1
MSASADDDYPKPYSPPRSGGVAAAATTSVHVTALDGLVNVNSLFTIAVFVGLSLATPGQHSLENPSACDAGVDVAKKLLVFEVVSFSFFLFSSLVAQGLKLAINLLNSKDVDEIFRAHINLKVLRFGMMASAIGSVMGCLFLMLSMVNVIEIRLGMLSCGSRSAVHAVTALIVLVTSALLVYISTAVYAFLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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