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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004766

染色体: Chr08 坐标: 57008784-57009575 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004766
名称SmilChr08G004766
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57008784 - 57009575 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998803
GeneID130998803
locus_tag-
NCBI NameLOC130998803
原始查询SmilChr08G004766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like
ArabidopsisAT3G22470 (AT3G22470)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821818]
identity=33.9; qcov=0.954; evalue=3.33e-46; confidence=low
RiceOs01g0783100
-
identity=30.6; qcov=0.92; evalue=4.16e-43; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998803

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057780192.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780192.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780192.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780192.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780192.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57008881 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 17 A4,A5,A9,B104,B109,B137,B18,B34,B67,B88,C1,C32,C43,C54,C68,C74,C82
Chr8:57008885 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 17 A4,A5,A9,B104,B109,B137,B18,B34,B67,B88,C1,C32,C43,C54,C68,C74,C82
Chr8:57008905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:57008938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C80
Chr8:57008975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,C26,C37,C40
Chr8:57009052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C37,C40
Chr8:57009073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:57009179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B61,B73,C23
Chr8:57009189 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 2 A22,B119
Chr8:57009189 GAT G 2bp_deletion CDS_variant 2 A22,B119
Chr8:57009193 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 37 A7,B10,B114,B131,B134,B135,B19,B22,B24,B25,B26,B28,B47,B50,B55,B63,B68,B72,B76,B79,B8,B98,C17,C25,C27,C29,C32,C42,C57,C61,C68,C79,C80,C83,C86,D10,D11
Chr8:57009210 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 37 A7,B10,B114,B131,B134,B135,B19,B22,B24,B25,B26,B28,B47,B50,B55,B63,B68,B72,B76,B79,B8,B98,C17,C25,C27,C29,C32,C42,C57,C61,C68,C79,C80,C83,C86,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780192.1
263 aa
N
1
132
263
PPR_3
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 3-31 aa PF12854 PPR_1 15-38 aa PF01535 PPR 21-41 aa PF23276 TPR_24 45-147 aa PF13812 PPR_3 48-97 aa PF12854 PPR_1 49-81 aa PF13041 PPR_2 53-100 aa PF01535 PPR 55-82 aa PF12854 PPR_1 85-116 aa PF01535 PPR 91-119 aa PF23276 TPR_24 92-175 aa PF13041 PPR_2 95-136 aa PF13812 PPR_3 111-169 aa PF12854 PPR_1 122-149 aa PF13041 PPR_2 123-170 aa PF01535 PPR 125-154 aa PF23276 TPR_24 145-241 aa PF13812 PPR_3 146-200 aa PF12854 PPR_1 153-185 aa PF13041 PPR_2 157-206 aa PF01535 PPR 160-190 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780192.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 3 31 9.8e-34 116.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780192.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 15 38 2.3e-58 194.3 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 21 41 1.8e-39 131.9 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 45 147 6.3e-19 68.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780192.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 48 97 9.8e-34 116.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780192.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 49 81 2.3e-58 194.3 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 53 100 8.7e-80 263.4 PPR repeat family
XP_057780192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 55 82 1.8e-39 131.9 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 85 116 2.3e-58 194.3 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 91 119 1.8e-39 131.9 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 92 175 6.3e-19 68.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780192.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 95 136 8.7e-80 263.4 PPR repeat family
XP_057780192.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 111 169 9.8e-34 116.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780192.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 122 149 2.3e-58 194.3 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 123 170 8.7e-80 263.4 PPR repeat family
XP_057780192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 125 154 1.8e-39 131.9 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 145 241 6.3e-19 68.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780192.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 146 200 9.8e-34 116.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780192.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 153 185 2.3e-58 194.3 PPR repeat
XP_057780192.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 157 206 8.7e-80 263.4 PPR repeat family
XP_057780192.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 160 190 1.8e-39 131.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924209.1
ATGGATGAAGCCGGACGCATTTTCCAATTGGCAAAGAATTTTGGAATCAAGCCCAATATCATAAGCTACAATAGCTTGATGAATGGATATTGCAAAAAGGGGCAAGTCGATGAAGTTTCACGACTTACTATAATTCCCGCAAAAAGGTTAGAAAGCGATGTGGTTTCTTATAACATAATGCTAGAGGCCTTATTTCGAGAAGGCAAATGCGAAGATGGCTTGAAGCTGCTCAAAGAGATGGAAGCTCTTCAAATATCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998803
ATGGATGAAGCCGGACGCATTTTCCAATTGGCAAAGAATTTTGGAATCAAGCCCAATATCATAAGCTACAATAGCTTGATGAATGGATATTGCAAAAAGGGGCAAGTCGATGAAGTTTCACGACTTACTATAATTCCCGCAAAAAGGTTAGAAAGCGATGTGGTTTCTTATAACATAATGCTAGAGGCCTTATTTCGAGAAGGCAAATGCGAAGATGGCTTGAAGCTGCTCAAAGAGATGGAAGCTCTTCAAATATCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780192.1
MDEAGRIFQLAKNFGIKPNIISYNSLMNGYCKKGQVDEVSRLTIIPAKRLESDVVSYNIMLEALFREGKCEDGLKLLKEMEALQISPNIKTYNILLDGLCGAHRIADAFSMLHTMKDKSIISNIVTYTILIEGLCDDNKVTQAKDLFDELPSKGMQPDVITYNILIGALCEEGQTVDAKDLMAQMANNGCLPNSVTYNVFVQGLLKRNKTCDAIPLLEEMDARGFTLDKTMFSMSIEPVVKEGRDSVLFDKIKKLVPKDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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