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同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004773

染色体: Chr08 坐标: 57046041-57048146 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G004773
名称SmilChr08G004773
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57046041 - 57048146 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999440
GeneID130999440
locus_tag-
NCBI 名称LOC130999440
原始查询SmilChr08G004773

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
拟南芥AT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=33.86; qcov=0.963; evalue=1.59e-111; confidence=low
水稻Os10g0499500 (RF1b)
-
identity=31.52; qcov=0.783; evalue=1.64e-75; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999440

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 线粒体 1.00000 SmilChr08G004773.1
2 叶绿体 0.20000 SmilChr08G004773.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57046290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B55,B61,C32,C70
Chr8:57046323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B8,C72,C78
Chr8:57046420 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 11 A13,B113,B118,B125,B132,B40,B59,B9,C10,C31,C73
Chr8:57046520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B13,B78,C39,C85
Chr8:57046549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C38
Chr8:57046616 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 7 B117,B33,B47,C15,C35,C56,C80
Chr8:57046619 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 7 B117,B33,B47,C15,C35,C56,C80
Chr8:57046666 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A19
Chr8:57046666 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 A19
Chr8:57046698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:57046700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B4,B46,B8,C53
Chr8:57046708 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 18 A11,B101,B107,B109,B115,B34,B36,B40,B41,B52,B59,C1,C14,C17,C37,C43,C60,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G004773.1
来源蛋白: XP_057780947.1
563 aa
N
1
282
563
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 107-163 aa PF12854 PPR_1 149-181 aa PF13041 PPR_2 153-203 aa PF01535 PPR 156-182 aa PF13812 PPR_3 221-272 aa PF12854 PPR_1 224-252 aa PF13041 PPR_2 226-275 aa PF23276 TPR_24 228-319 aa PF01535 PPR 230-259 aa PF12854 PPR_1 257-289 aa PF13041 PPR_2 261-304 aa PF01535 PPR 264-292 aa PF13812 PPR_3 285-342 aa PF12854 PPR_1 294-325 aa PF13041 PPR_2 296-334 aa PF01535 PPR 299-327 aa PF13812 PPR_3 323-379 aa PF12854 PPR_1 329-356 aa PF13041 PPR_2 331-380 aa PF01535 PPR 335-363 aa PF13812 PPR_3 354-412 aa PF12854 PPR_1 363-391 aa PF13041 PPR_2 366-392 aa PF01535 PPR 369-391 aa PF23276 TPR_24 392-497 aa PF13812 PPR_3 397-446 aa PF12854 PPR_1 398-430 aa PF13041 PPR_2 401-450 aa PF01535 PPR 404-433 aa PF13812 PPR_3 425-481 aa PF12854 PPR_1 433-465 aa PF13041 PPR_2 436-484 aa PF01535 PPR 440-469 aa PF12854 PPR_1 467-498 aa PF13041 PPR_2 471-504 aa PF01535 PPR 474-504 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 107 163 9.5e-52 173.7 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 149 181 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 153 203 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 156 182 6.7e-78 252.4 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 221 272 9.5e-52 173.7 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 224 252 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 226 275 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 228 319 2.8e-27 95.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 230 259 6.7e-78 252.4 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 257 289 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 261 304 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 292 6.7e-78 252.4 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 285 342 9.5e-52 173.7 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 294 325 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 334 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 327 6.7e-78 252.4 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 323 379 9.5e-52 173.7 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 329 356 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 331 380 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 335 363 6.7e-78 252.4 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 354 412 9.5e-52 173.7 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 363 391 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 366 392 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 391 6.7e-78 252.4 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 392 497 2.8e-27 95.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 397 446 9.5e-52 173.7 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 398 430 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 401 450 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 404 433 6.7e-78 252.4 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 425 481 9.5e-52 173.7 Pentatricopeptide repeat domain
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 433 465 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 436 484 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 440 469 6.7e-78 252.4 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 467 498 5e-107 350.0 PPR repeat
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 471 504 1.7e-115 377.7 PPR repeat family
SmilChr08G004773.1
XP_057780947.1		 Pfam PF01535 PPR Repeat 474 504 6.7e-78 252.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924964.1
TGAAATGCGTTTTCATCTAAACCCAAACGCGATTGCTCTTTCAACGGCCGAGATTTGATCAACAACATCCAACGGCTCACAATTAACCAGATCTACTTTACCTTTCTTCTCACAAAACCCTATCTTTCCTTCTTCAACAGCGACCTTCCCCAATTCTTCAGCTTTCACATCTGAAATCCTACAAAACTATCCCAAGAATGAGGTCGAACCACGCCGCCATGTTTCTGGCTAGAATTTTGTCAAATTCTTCATCTCAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
SmilChr08G004773.1 (XP_057780947.1)
ATGAGGTCGAACCACGCCGCCATGTTTCTGGCTAGAATTTTGTCAAATTCTTCATCTCAATTCTCCACTTTTGCCATCGCTTCTCCACATTATCAATCATTTCTTGTACCCAGTTTTCATTTTGATAATGCCAGCTGCCAAATGAGGAGACACTTCTCCGCCTATCCCAGATTCGATTTCGGAACTATACGTGAGCCCAACGATGCCGTCGCTCTATTTCGGGAAATGGTGAGGACGCAGCCGCTCCCTTATGTTTCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
SmilChr08G004773.1 (XP_057780947.1)
MRSNHAAMFLARILSNSSSQFSTFAIASPHYQSFLVPSFHFDNASCQMRRHFSAYPRFDFGTIREPNDAVALFREMVRTQPLPYVSVFSKLLSTVVKMEQYSLALHLIDEMLQRDVPVDHYTLNIAIDCYCRQKRPDFGFAILGIFFKRGYEPTVVTFNTLVKGLLLVGRVPEAAKVLWKMSVYRLCEPNEQTHSTMINGICKAVGTLHALELLCLLEKEKGICKPNVYAYSAVIDSLFKEGKVDDALQLFSSLGDKGIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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