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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004790

染色体: Chr08 坐标: 57207913-57209816 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004790
名称SmilChr08G004790
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57207913 - 57209816 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999447
GeneID130999447
locus_tag-
NCBI NameLOC130999447
原始查询SmilChr08G004790

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=36.3; qcov=0.911; evalue=4.06e-116; confidence=medium
RiceOs10g0497300 (PPR794)
-
identity=30.6; qcov=0.899; evalue=2.62e-78; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999447

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057780957.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780957.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780957.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780957.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780957.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57207996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B93,C28
Chr8:57208122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr8:57208127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C23
Chr8:57208135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B22,B73,C23,C64
Chr8:57208153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B63
Chr8:57208158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B63
Chr8:57208189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B26
Chr8:57208194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:57208214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B2
Chr8:57208285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B20
Chr8:57208342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:57208347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780957.1
575 aa
N
1
288
575
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF12854 PPR_1 147-176 aa PF13041 PPR_2 151-201 aa PF01535 PPR 154-177 aa PF13812 PPR_3 219-269 aa PF12854 PPR_1 222-250 aa PF13041 PPR_2 224-273 aa PF23276 TPR_24 227-317 aa PF01535 PPR 228-257 aa PF13812 PPR_3 248-303 aa PF12854 PPR_1 255-287 aa PF13041 PPR_2 259-302 aa PF01535 PPR 262-290 aa PF13812 PPR_3 283-341 aa PF12854 PPR_1 292-323 aa PF13041 PPR_2 294-332 aa PF01535 PPR 297-325 aa PF13812 PPR_3 321-377 aa PF12854 PPR_1 327-354 aa PF13041 PPR_2 329-378 aa PF01535 PPR 333-362 aa PF13812 PPR_3 354-406 aa PF12854 PPR_1 361-384 aa PF13041 PPR_2 365-411 aa PF01535 PPR 368-389 aa PF12854 PPR_1 397-428 aa PF13812 PPR_3 397-444 aa PF13041 PPR_2 399-447 aa PF01535 PPR 402-429 aa PF17177 PPR_long 408-567 aa PF12854 PPR_1 432-461 aa PF13041 PPR_2 435-483 aa PF01535 PPR 438-466 aa PF23276 TPR_24 455-554 aa PF13812 PPR_3 458-512 aa PF12854 PPR_1 465-498 aa PF01535 PPR 472-502 aa PF13041 PPR_2 477-518 aa PF12854 PPR_1 500-532 aa PF13041 PPR_2 504-549 aa PF01535 PPR 507-537 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 147 176 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 151 201 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 154 177 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 219 269 9.6e-52 173.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 222 250 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 224 273 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 227 317 2.3e-27 96.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 228 257 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 248 303 9.6e-52 173.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 255 287 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 259 302 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 262 290 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 283 341 9.6e-52 173.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 292 323 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 294 332 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 297 325 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 321 377 9.6e-52 173.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 327 354 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 329 378 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 333 362 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 354 406 9.6e-52 173.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 361 384 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 365 411 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 389 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 397 428 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 397 444 9.6e-52 173.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 399 447 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 402 429 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 408 567 9.5e-25 87.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 432 461 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 435 483 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 438 466 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 455 554 2.3e-27 96.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780957.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 458 512 9.6e-52 173.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 465 498 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 472 502 4.5e-78 252.9 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 477 518 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 500 532 2.4e-109 357.4 PPR repeat
XP_057780957.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 504 549 1.1e-127 416.7 PPR repeat family
XP_057780957.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 507 537 4.5e-78 252.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924974.1
CATCATAAACCTCTAATTTTGTTTTCTGCAAAACCCTCGAAAGAAAGAGAGAGAATGAGTCGGAATCACGCTGCCATGATTTTGGGCAGAATTATCTCCAATTCTTCTTTCAATTCATCCACTCTCCCCTTTGCTTCTCTACACTCGTTTCTTCTCAAACCCAGATTCAATTTTGATAATCTCACCCACCAAATTAGATACTTCTCCTCCTATCCCAGATTCGATTTTGGATCTATACGTGAGCCCAATGATGCCGTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999447
ATGAGTCGGAATCACGCTGCCATGATTTTGGGCAGAATTATCTCCAATTCTTCTTTCAATTCATCCACTCTCCCCTTTGCTTCTCTACACTCGTTTCTTCTCAAACCCAGATTCAATTTTGATAATCTCACCCACCAAATTAGATACTTCTCCTCCTATCCCAGATTCGATTTTGGATCTATACGTGAGCCCAATGATGCCGTCGCTCTATTTCGGGAGATGGTGAGGACGCAGCCGCGCCCTTATGCTTCTGTTTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780957.1
MSRNHAAMILGRIISNSSFNSSTLPFASLHSFLLKPRFNFDNLTHQIRYFSSYPRFDFGSIREPNDAVALFREMVRTQPRPYASVFSKLLSTVVKMKQYSLALHLIDEMLQRDVPVNHYILNIAIDCYCRQKRPDFGFAILGSFFKRGYEPTVVTFTTLIKGLLLVGRIPEAVKVLWKLSVYRLCEPNERTYGTMINGICKAVGSLHALELLCLLEKEKGICKPDVCSYTAVIDRLCKEGKVNDALQLFSSLGDKGISPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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