当前解析结果
SmilChr08G004814| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004814 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004814 |
| 描述 | 60S ribosomal protein L32-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 57438459 - 57440217 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999476 |
|---|---|
| GeneID | 130999476 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999476 |
| 原始查询 | SmilChr08G004814 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 60S ribosomal protein L32-1-like |
| 产物 | 60S ribosomal protein L32-1-like |
| Arabidopsis | AT4G18100 (AT4G18100)Ribosomal protein L32e [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827535] identity=82.7; qcov=1; evalue=1.04e-79; confidence=high |
| Rice | Os09g0502000 (rpL32_9.3)- identity=88.7; qcov=1; evalue=8.67e-85; confidence=high |
| GO | GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01655 (Ribosomal_L32e) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999476 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057780988.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057780988.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780988.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780988.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780988.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:57439692 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C45 |
Chr8:57439734 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B11,B46,B53,B93 |
Chr8:57439771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:57439782 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr8:57439988 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr8:57440006 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780988.1PF01655
Ribosomal_L32e 16-122 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780988.1 |
Pfam | PF01655 |
Ribosomal_L32e | Family | 16 | 122 | 2.8e-52 | 176.2 | Ribosomal protein L32 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。