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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004827

染色体: Chr08 坐标: 57525006-57528459 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004827
名称SmilChr08G004827
描述chloroplast envelope quinone oxidoreductase homolog
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57525006 - 57528459 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999493
GeneID130999493
locus_tag-
NCBI NameLOC130999493
原始查询SmilChr08G004827

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chloroplast envelope quinone oxidoreductase homolog
产物chloroplast envelope quinone oxidoreductase homolog
ArabidopsisAT4G13010 (AT4G13010)
Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826914]
identity=77.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0503100
-
identity=59.9; qcov=1.01; evalue=1.56e-140; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGGsmil00592 (alpha-Linolenic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00107 (ADH_zinc_N); PF08240 (ADH_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999493

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057781014.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057781014.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057781014.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057781014.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781014.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57525195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B50
Chr8:57525226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr8:57526176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C65
Chr8:57526181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,C34,C5
Chr8:57526182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:57526257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr8:57526553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:57526554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B16,C30,C86
Chr8:57526933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B40,C60
Chr8:57526942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B68,B78,B89,C78
Chr8:57526988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B70,C34,C5
Chr8:57526996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781014.1
329 aa
N
1
164
329
ADH_N
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF08240 ADH_N 33-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 167-274 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 198-327 aa
XP_057781015.1
329 aa
N
1
164
329
ADH_N
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF08240 ADH_N 33-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 167-274 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 198-327 aa
XP_057781016.1
329 aa
N
1
164
329
ADH_N
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF08240 ADH_N 33-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 167-274 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 198-327 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781014.1 Pfam PF08240 ADH_N Domain 33 120 9.5e-16 58.7 Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
XP_057781014.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 167 274 1.2e-10 42.2 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057781014.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 198 327 8.8e-20 72.7 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057781015.1 Pfam PF08240 ADH_N Domain 33 120 9.5e-16 58.7 Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
XP_057781015.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 167 274 1.2e-10 42.2 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057781015.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 198 327 8.8e-20 72.7 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057781016.1 Pfam PF08240 ADH_N Domain 33 120 9.5e-16 58.7 Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
XP_057781016.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 167 274 1.2e-10 42.2 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057781016.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 198 327 8.8e-20 72.7 Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925031.1
TCAAAAGCAGCAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAATGTCATACTCTCGTTGTTAACTCGAGCTCGCCATTTTTCCGCCACATCGTATCGGTCGCTACCTCTCATTCTCTCTGGATACCATTTTAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCAACAGTTAGGGAACTAGCTTTTCTGTGATTTGTGAATGGCGGGGAAGGTAATGCATGCGGTTCAGTACGAAAGCTATGGTGGTGGAGCAGCAGGTTTAAAGCATGTTGAAGTT...
XM_057925032.1
AAGAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAATGTCATACTCTCGTTGTTAACTCGAGCTCGCCATTTTTCCGCCACATCGTATCGGTCGCTACCTCTCATTCTCTCTGGATACCATTTTAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCAACAGTTAGGGAACTAGCTTTTCTGTGATTTGTGAATGGCGGGGAAGGTAATGCATGCGGTTCAGTACGAAAGCTATGGTGGTGGAGCAGCAGGTTTAAAGCATGTTGAAGTTCCGATCCCCACTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999493
ATGGCGGGGAAGGTAATGCATGCGGTTCAGTACGAAAGCTATGGTGGTGGAGCAGCAGGTTTAAAGCATGTTGAAGTTCCGATCCCCACTCCGAGCAAGGGTGAAGTCCTGCTAAAGTTTGAAGCTATAACCTTAAATCCTGTTGATTGGAAAACTCAGAAAGGCATGATTCGGCCTCTTCTTCCTCGGAAGTTCCCTCACATTCCTGCCACTGATGTTGCTGGAGAGGTCACAGAGGTCGGACCTGGAGTGACGAACTT...
LOC130999493
ATGGCGGGGAAGGTAATGCATGCGGTTCAGTACGAAAGCTATGGTGGTGGAGCAGCAGGTTTAAAGCATGTTGAAGTTCCGATCCCCACTCCGAGCAAGGGTGAAGTCCTGCTAAAGTTTGAAGCTATAACCTTAAATCCTGTTGATTGGAAAACTCAGAAAGGCATGATTCGGCCTCTTCTTCCTCGGAAGTTCCCTCACATTCCTGCCACTGATGTTGCTGGAGAGGTCACAGAGGTCGGACCTGGAGTGACGAACTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057781014.1
MAGKVMHAVQYESYGGGAAGLKHVEVPIPTPSKGEVLLKFEAITLNPVDWKTQKGMIRPLLPRKFPHIPATDVAGEVTEVGPGVTNFKPGDKVVALLNHFAGGGLSEYGVAKENLTVQRPPEVSAAEGAGLPVAGLTAHQALTQSAGLKLDGSGAQKNILITAASGGVGHYAVQLAKLGNAHVTATCGARNIDLVKSLGADEVLDYKTPEGAALTSPSGKKYDAVVHCAPPIPWSVFEPNLSSNGKVIDVTPGVSSMLTF...
XP_057781015.1
MAGKVMHAVQYESYGGGAAGLKHVEVPIPTPSKGEVLLKFEAITLNPVDWKTQKGMIRPLLPRKFPHIPATDVAGEVTEVGPGVTNFKPGDKVVALLNHFAGGGLSEYGVAKENLTVQRPPEVSAAEGAGLPVAGLTAHQALTQSAGLKLDGSGAQKNILITAASGGVGHYAVQLAKLGNAHVTATCGARNIDLVKSLGADEVLDYKTPEGAALTSPSGKKYDAVVHCAPPIPWSVFEPNLSSNGKVIDVTPGVSSMLTF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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