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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004829

染色体: Chr08 坐标: 57535426-57538964 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004829
名称SmilChr08G004829
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57535426 - 57538964 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999489
GeneID130999489
locus_tag-
NCBI NameLOC130999489
原始查询SmilChr08G004829

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
产物probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
ArabidopsisAT1G35710 (AT1G35710)
kinase family with leucine-rich repeat domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840475]
identity=38; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
RiceOs10g0119200
-
identity=37.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781012.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781012.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781012.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781012.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781012.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57535711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:57535727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,C22,D9
Chr8:57535755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr8:57535756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C63
Chr8:57535781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,C34,C5,C82,C87
Chr8:57535782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:57535788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,C34,C5
Chr8:57535824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C82
Chr8:57535828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B61,C72
Chr8:57535831 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr8:57535831 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B91
Chr8:57535896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781012.1
1064 aa
N
1
532
1064
LRRNT_2
LRR_6
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_4
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_6
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_4
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF08263 LRRNT_2 37-54 aa PF13516 LRR_6 108-123 aa PF00560 LRR_1 109-131 aa PF13516 LRR_6 164-177 aa PF00560 LRR_1 165-186 aa PF13855 LRR_8 165-223 aa PF00560 LRR_1 188-210 aa PF13516 LRR_6 211-224 aa PF00560 LRR_1 212-234 aa PF12799 LRR_4 212-247 aa PF13855 LRR_8 212-271 aa PF23598 LRR_14 229-360 aa PF00560 LRR_1 236-258 aa PF13516 LRR_6 259-272 aa PF13855 LRR_8 260-319 aa PF00560 LRR_1 261-282 aa PF13855 LRR_8 283-343 aa PF00560 LRR_1 284-306 aa PF13516 LRR_6 307-320 aa PF00560 LRR_1 308-330 aa PF23598 LRR_14 329-483 aa PF00560 LRR_1 332-354 aa PF13855 LRR_8 379-439 aa PF00560 LRR_1 380-402 aa PF13516 LRR_6 403-416 aa PF00560 LRR_1 404-426 aa PF12799 LRR_4 404-439 aa PF13855 LRR_8 427-487 aa PF00560 LRR_1 428-449 aa PF13516 LRR_6 450-464 aa PF00560 LRR_1 452-474 aa PF00560 LRR_1 476-498 aa PF00560 LRR_1 500-522 aa PF00560 LRR_1 524-546 aa PF13855 LRR_8 524-583 aa PF00560 LRR_1 549-570 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 769-1041 aa PF00069 Pkinase 770-1039 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781012.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 37 54 0.00021 22.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057781012.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 108 123 2e-12 46.8 Leucine Rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 109 131 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 164 177 2e-12 46.8 Leucine Rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 165 186 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 165 223 6.8e-62 205.8 Leucine rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 188 210 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 211 224 2e-12 46.8 Leucine Rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 212 234 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 212 247 8.3e-56 185.5 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057781012.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 212 271 6.8e-62 205.8 Leucine rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 229 360 8e-48 163.7 Leucine-rich repeat region
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 236 258 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 259 272 2e-12 46.8 Leucine Rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 260 319 6.8e-62 205.8 Leucine rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 261 282 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 283 343 6.8e-62 205.8 Leucine rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 284 306 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 307 320 2e-12 46.8 Leucine Rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 308 330 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 329 483 8e-48 163.7 Leucine-rich repeat region
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 332 354 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 379 439 6.8e-62 205.8 Leucine rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 380 402 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 403 416 2e-12 46.8 Leucine Rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 404 426 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 404 439 8.3e-56 185.5 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057781012.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 427 487 6.8e-62 205.8 Leucine rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 428 449 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 450 464 2e-12 46.8 Leucine Rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 452 474 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 476 498 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 500 522 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 524 546 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 524 583 6.8e-62 205.8 Leucine rich repeat
XP_057781012.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 549 570 2.5e-62 193.9 Leucine Rich Repeat
XP_057781012.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 769 1041 4.9e-41 141.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057781012.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 770 1039 1.3e-43 150.0 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925029.1
GAAGAAGGAATCATATCCTCACAAATAATAAAAATGATGGGTTTTGGGATAAGTAGTCGCATTTTGATCATGGCCATAGTGTTGATGAAAGCAGCAGAAGCAAGCATGAGCAGAGAGATGCAGGCATTGATGAAATTTGGGTGGCCTCACAACTCCACAACTCATCACTGCAATTGGACTGGCATTACTTGTGATGATGCTGGTCATGTTGCGGAGATGAGCCTCCAAGTTTGCTCTTATACTACTCTTCTTAGTTTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999489
ATGATGGGTTTTGGGATAAGTAGTCGCATTTTGATCATGGCCATAGTGTTGATGAAAGCAGCAGAAGCAAGCATGAGCAGAGAGATGCAGGCATTGATGAAATTTGGGTGGCCTCACAACTCCACAACTCATCACTGCAATTGGACTGGCATTACTTGTGATGATGCTGGTCATGTTGCGGAGATGAGCCTCCAAGTTTGCTCTTATACTACTCTTCTTAGTTTAAACCATTTTGATGTGTTTGCTTTTCCACATCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781012.1
MMGFGISSRILIMAIVLMKAAEASMSREMQALMKFGWPHNSTTHHCNWTGITCDDAGHVAEMSLQVCSYTTLLSLNHFDVFAFPHLTRIHLTSYCLNGTIPPHIGYLSNLTYLNLSHNPLNSELPVSLANLTELQILDISDCHDRFYGIHSIYGVIPPEIGSLSKLTHLNLSYNELITLPLSLANLTNLHVLDLSYNNIVGVIPPEIGNLSKLTHLDLSYNGLNSDLPFSLSNLTNLHVLDLSYNNIVGVIPPEIGNLST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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