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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004831

染色体: Chr08 坐标: 57581961-57584475 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004831
名称SmilChr08G004831
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57581961 - 57584475 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998816
GeneID130998816
locus_tag-
NCBI NameLOC130998816
原始查询SmilChr08G004831

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
产物probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710
ArabidopsisAT4G08850 (AT4G08850)
Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826456]
identity=37.3; qcov=1.06; evalue=1.06e-149; confidence=medium
RiceOs10g0119200
-
identity=36.9; qcov=1.08; evalue=5.84e-148; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998816

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057780205.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780205.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780205.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780205.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780205.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57582235 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A3,A9,B103,B11,B119,B125,B128,B19,B23,B3,B42,B43,B52,B60,B62,B80,B87,B90,B92,B98,C1,C16,C20,C27,C36,C71
Chr8:57582270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,D10
Chr8:57582276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B70
Chr8:57582277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:57582289 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B105,B46
Chr8:57582289 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 2 B105,B46
Chr8:57582376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,A5,C57
Chr8:57582378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C82
Chr8:57582380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B135
Chr8:57582454 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 10 A10,B115,B12,B128,B133,B22,B31,B86,C27,C67
Chr8:57582457 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 10 A10,B115,B12,B128,B133,B22,B31,B86,C27,C67
Chr8:57582486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,C12,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780205.1
699 aa
N
1
350
699
LRR_14
LRR_6
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_4
LRR_6
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF23598 LRR_14 12-121 aa PF13516 LRR_6 17-31 aa PF00560 LRR_1 19-41 aa PF13855 LRR_8 66-126 aa PF00560 LRR_1 67-89 aa PF13516 LRR_6 90-104 aa PF00560 LRR_1 91-113 aa PF12799 LRR_4 91-125 aa PF13516 LRR_6 113-126 aa PF13855 LRR_8 114-174 aa PF00560 LRR_1 115-137 aa PF00560 LRR_1 139-161 aa PF00560 LRR_1 163-185 aa PF13516 LRR_6 186-199 aa PF00560 LRR_1 187-209 aa PF00560 LRR_1 211-233 aa PF13855 LRR_8 232-270 aa PF00560 LRR_1 236-256 aa PF00560 LRR_1 313-331 aa PF00069 Pkinase 410-674 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 410-676 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780205.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 12 121 2.7e-29 102.8 Leucine-rich repeat region
XP_057780205.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 17 31 2.1e-10 40.6 Leucine Rich repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 19 41 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 66 126 2.5e-34 117.6 Leucine rich repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 67 89 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 90 104 2.1e-10 40.6 Leucine Rich repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 91 113 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 91 125 4.5e-31 106.9 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057780205.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 113 126 2.1e-10 40.6 Leucine Rich repeat
XP_057780205.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 114 174 2.5e-34 117.6 Leucine rich repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 115 137 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 139 161 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 163 185 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 186 199 2.1e-10 40.6 Leucine Rich repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 187 209 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 211 233 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 232 270 2.5e-34 117.6 Leucine rich repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 236 256 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 313 331 6.5e-38 121.3 Leucine Rich Repeat
XP_057780205.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 410 674 1e-40 140.5 Protein kinase domain
XP_057780205.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 410 676 1.1e-38 133.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924222.1
ATGTCAGACAATAGACTCTACGGTGATCTGCCTCTCTCACTTTCAAATCTCACTAGCTTACATGTGCTTGACCTTTCTCATAACAGAATTATCGGTGCCATTCCGCATGAGATAGGAAGCCTATCCAAACTAACTCATCTAGATTTGTCACTCAATGATCTTTACAGTAGTCTGCCTCTCTCACATGCAAATCTTACTAACTTACATGTGCTTGACCTTTCTTATAACAGAATTTTCGGTGCCATTCCGCCTGAGATAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998816
ATGTCAGACAATAGACTCTACGGTGATCTGCCTCTCTCACTTTCAAATCTCACTAGCTTACATGTGCTTGACCTTTCTCATAACAGAATTATCGGTGCCATTCCGCATGAGATAGGAAGCCTATCCAAACTAACTCATCTAGATTTGTCACTCAATGATCTTTACAGTAGTCTGCCTCTCTCACATGCAAATCTTACTAACTTACATGTGCTTGACCTTTCTTATAACAGAATTTTCGGTGCCATTCCGCCTGAGATAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780205.1
MSDNRLYGDLPLSLSNLTSLHVLDLSHNRIIGAIPHEIGSLSKLTHLDLSLNDLYSSLPLSHANLTNLHVLDLSYNRIFGAIPPEIGSLSKLTHLNLSYNGLGTDLPLSLANLTNLHVLDLSYNGIFGAIPHDIGSLSKLTHLDFSHNGLYSDLPLSLANLTNLQLLDLSHNRIVGAIPPEIGSLSKLTHLDLSHNRLNSDLPLSLSNLINLQLLDLSQNRIFDGIPSGIGYLQQLIVLDLSYNSISGSLPSTMNQLTSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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