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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004833

染色体: Chr08 坐标: 57588585-57591109 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004833
名称SmilChr08G004833
描述MDIS1-interacting receptor like kinase 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57588585 - 57591109 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999490
GeneID130999490
locus_tag-
NCBI NameLOC130999490
原始查询SmilChr08G004833

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MDIS1-interacting receptor like kinase 2-like
产物MDIS1-interacting receptor like kinase 2-like
ArabidopsisAT4G08850 (AT4G08850)
Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826456]
identity=39.9; qcov=0.922; evalue=1.32e-157; confidence=medium
RiceOs02g0553000
-
identity=38.3; qcov=0.914; evalue=7.64e-145; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999490

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781013.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781013.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781013.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781013.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781013.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57588662 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C46
Chr8:57588662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:57588679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:57588680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B22
Chr8:57588698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,B49
Chr8:57588703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B104,C63,D2
Chr8:57588704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B104
Chr8:57588726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C33,C59,C84
Chr8:57588729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B121,C17,C25,D3
Chr8:57588742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,C48,C67
Chr8:57588827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B88
Chr8:57588829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B16,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781013.1
778 aa
N
1
389
778
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF08263 LRRNT_2 50-67 aa PF23598 LRR_14 108-257 aa PF00560 LRR_1 123-144 aa PF13855 LRR_8 145-203 aa PF00560 LRR_1 146-168 aa PF00560 LRR_1 170-192 aa PF00560 LRR_1 225-247 aa PF13855 LRR_8 248-308 aa PF00560 LRR_1 249-271 aa PF00560 LRR_1 274-292 aa PF00560 LRR_1 351-369 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 483-755 aa PF00069 Pkinase 484-753 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781013.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 50 67 0.00021 22.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057781013.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 108 257 4.7e-22 78.9 Leucine-rich repeat region
XP_057781013.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 123 144 7.4e-27 88.3 Leucine Rich Repeat
XP_057781013.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 145 203 1.4e-23 83.1 Leucine rich repeat
XP_057781013.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 146 168 7.4e-27 88.3 Leucine Rich Repeat
XP_057781013.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 170 192 7.4e-27 88.3 Leucine Rich Repeat
XP_057781013.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 225 247 7.4e-27 88.3 Leucine Rich Repeat
XP_057781013.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 248 308 1.4e-23 83.1 Leucine rich repeat
XP_057781013.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 249 271 7.4e-27 88.3 Leucine Rich Repeat
XP_057781013.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 274 292 7.4e-27 88.3 Leucine Rich Repeat
XP_057781013.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 351 369 7.4e-27 88.3 Leucine Rich Repeat
XP_057781013.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 483 755 2e-41 142.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057781013.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 484 753 9.1e-44 150.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925030.1
AGTCTATTCAATTATTAATAAACTCCACCTAAGTATAAGAATATGGAGTATGAAAGAAGAAGGAATCATATCCTCACAAATAATAAAAATGATGGGTTTTGGGATAAGTAGTCGCATTTTGATCATGGCCATAGTGTTGATGAAAGCAGCAGAAGCAAGCATGAGCAGAGAGATGCAGGCATTGATGAATTTTGGGTGGCCTCACAACTCCACAACTCATCACTGCAATTGGACTGGCATTACTTGTGATGATGCTGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999490
ATGAAAGAAGAAGGAATCATATCCTCACAAATAATAAAAATGATGGGTTTTGGGATAAGTAGTCGCATTTTGATCATGGCCATAGTGTTGATGAAAGCAGCAGAAGCAAGCATGAGCAGAGAGATGCAGGCATTGATGAATTTTGGGTGGCCTCACAACTCCACAACTCATCACTGCAATTGGACTGGCATTACTTGTGATGATGCTGCTCATGTTGCGGCGATGAGCCTCCAAGTTTGCTCTTATACTACTCTTCTTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781013.1
MKEEGIISSQIIKMMGFGISSRILIMAIVLMKAAEASMSREMQALMNFGWPHNSTTHHCNWTGITCDDAAHVAAMSLQVCSYTTLLSLNHFDVFAFPHLTRIHLTSYCLKGTIPPEIGSLSKLAHLNLSYNELNTHLPLSLANLTNLHVLDLSYNSIVGVIPPEIGSLSKLTYLNLCHNPLNGELPVSLANLTELQILDISHSRRSYDINGIYGVIPPEIGSLSKLTHLDLSVNRLYGDLPLSLSNLTNLQLLDISENNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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