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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004837

染色体: Chr08 坐标: 57621002-57621820 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004837
名称SmilChr08G004837
描述uncharacterized SmilChr08G004837
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57621002 - 57621820 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999494
GeneID130999494
locus_tag-
NCBI NameLOC130999494
原始查询SmilChr08G004837

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=26.6; qcov=0.646; evalue=5.29e-08; confidence=low
RiceOs06g0704400
-
identity=38.8; qcov=0.586; evalue=4.29e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781017.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781017.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781017.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781017.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057781017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57621062 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 83 A11,A20,A21,A25,A3,A4,A5,A9,B101,B108,B110,B111,B112,B114,B119,B120,B123,B124,B13,B131,B135,B136,B139,B14,B19,B2,B22,B23,B24,B26,B29,B40,B47,B50,B52,B53,B60,B62,B68,B70,B71,B8,B80,B87,B89,B9,B98,C1,C16,C17,C20,C21,C22,C24,C26,C27,C3,C31,C42,C43,C44,C46,C47,C48,C5,C55,C58,C6,C60,C62,C64,C66,C74,C77,C78,C85,D1,D10,D11,D3,D4,D7,D8
Chr8:57621141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr8:57621152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C42
Chr8:57621172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B81
Chr8:57621191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B81,C85
Chr8:57621209 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B114,B135,C21,C24,C47,D7
Chr8:57621229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B81,C6
Chr8:57621230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr8:57621240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:57621348 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A4,B81,C85
Chr8:57621348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B81,C85
Chr8:57621442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B89,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925034.1
TAGGATGTGGGGTTTGAGTGGCATTCCTTGCAAGCATGCTATATGTGCTATAAATCATCAGAAAAAAAATAGGGATGATTTTGTTCATGAGTATTACACAGTAGCAACATTTAAGAAGATTTATGCAGCCACGATCTTTGGAATCAATGGCAAACAATTGTGGGAGGATAGCATATTCATACCACCTTTGCCGCCACTGATGAAAAGAGGAAGAGGTCATATGGGCAGGAGAAAAGAAGCAGATGAAGTGAATTTAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999494
ATGTGGGGTTTGAGTGGCATTCCTTGCAAGCATGCTATATGTGCTATAAATCATCAGAAAAAAAATAGGGATGATTTTGTTCATGAGTATTACACAGTAGCAACATTTAAGAAGATTTATGCAGCCACGATCTTTGGAATCAATGGCAAACAATTGTGGGAGGATAGCATATTCATACCACCTTTGCCGCCACTGATGAAAAGAGGAAGAGGTCATATGGGCAGGAGAAAAGAAGCAGATGAAGTGAATTTAAAGAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781017.1
MWGLSGIPCKHAICAINHQKKNRDDFVHEYYTVATFKKIYAATIFGINGKQLWEDSIFIPPLPPLMKRGRGHMGRRKEADEVNLKKTKLRRRQSTIKCRKCGGEGHNSVTCGRHQVCSPSGNTQPQLQSEMPIQEYEIPIQESQILSESGMFGAVTQIPTQTAKVPGPSMLSQLRQGQFILESQKKFQSLADIHNRSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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