Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004844`

染色体: Chr08 坐标: 57694701-57695144 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004844`
名称	SmilChr08G004844
描述	agamous-like MADS-box protein AGL61
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	57694701 - 57695144 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998821`
GeneID	`130998821`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998821`
原始查询	`SmilChr08G004844`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	agamous-like MADS-box protein AGL61
产物	agamous-like MADS-box protein AGL61
Arabidopsis	`AT2G24840` (AGL61) AGAMOUS-like 61 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817021] identity=29.9; qcov=1.12; evalue=2.54e-19; confidence=low
Rice	`Os12g0407000` (OsMADS73) - identity=43.5; qcov=0.626; evalue=2.86e-20; confidence=low
GO	GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0045944 (positive regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00319 (SRF-TF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998821

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780209.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057780209.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780209.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780209.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780209.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:57694808`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B56,C41,C44,C9
`Chr8:57694814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr8:57694863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr8:57694868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr8:57694924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C26,C74
`Chr8:57694926`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C82
`Chr8:57694950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr8:57694951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C45,C86,D11
`Chr8:57694984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B50,B8,B94,C85
`Chr8:57695004`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B36,C82,C85
`Chr8:57695018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr8:57695031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B77,C7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780209.1

147 aa

147

SRF-TF

PF00319 SRF-TF 10-56 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780209.1`	Pfam	`PF00319`	SRF-TF	Domain	10	56	2.5e-16	59.6	SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924226.1
ATGAGGAGAAGCATCGAAATCAAGTTGATCGACGACGATGCAAAACGACACACGACCTTCACGAAACGGCGGCATGGCCTGATAAAGAAAGCCGATGAATTCTGCCGGCTGTCCGACTCCACGGCGGCGCTCCTCATCTTCTCCTCCTCCAAAAACTGCTACGCCTTCGGTCATCCCGAAGTCGACTCCGTCTTGGACCGCTACGACGACGCCGATTCCTCTTCGGCCACCGGCGCCGGTGGGGAGGAGGCGGAGGCGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998821
ATGAGGAGAAGCATCGAAATCAAGTTGATCGACGACGATGCAAAACGACACACGACCTTCACGAAACGGCGGCATGGCCTGATAAAGAAAGCCGATGAATTCTGCCGGCTGTCCGACTCCACGGCGGCGCTCCTCATCTTCTCCTCCTCCAAAAACTGCTACGCCTTCGGTCATCCCGAAGTCGACTCCGTCTTGGACCGCTACGACGACGCCGATTCCTCTTCGGCCACCGGCGCCGGTGGGGAGGAGGCGGAGGCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780209.1
MRRSIEIKLIDDDAKRHTTFTKRRHGLIKKADEFCRLSDSTAALLIFSSSKNCYAFGHPEVDSVLDRYDDADSSSATGAGGEEAEAVTEMESRIGNAVETGRWEEAVRGLGLDAFDQLTAELEKIRRQVAALQTKFAAAPAEETGGS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器