Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004847

染色体: Chr08 坐标: 57704840-57708924 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004847
名称SmilChr08G004847
描述nuclear transport factor 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57704840 - 57708924 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999505
GeneID130999505
locus_tag-
NCBI NameLOC130999505
原始查询SmilChr08G004847

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear transport factor 2-like
产物nuclear transport factor 2-like
ArabidopsisAT3G25150 (AT3G25150)
Nuclear transport factor 2 (NTF2) family protein with RNA binding (RRM-RBD-RNP motifs) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822106]
identity=49.6; qcov=0.869; evalue=2.5e-111; confidence=high
RiceOs04g0372800
-
identity=49.6; qcov=0.988; evalue=8.19e-104; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005829 (cytosol); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1); PF02136 (NTF2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999505

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781027.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.80000 XP_057781027.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.80000 XP_057781027.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057781027.1
5 P-body P-body 0.40000 XP_057781027.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57705233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,D11
Chr8:57705251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C35
Chr8:57705296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:57705306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C48
Chr8:57705317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B6
Chr8:57705325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr8:57705377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C19
Chr8:57706981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B132,C19,C9
Chr8:57707453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr8:57707455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B42,B43,C78
Chr8:57707544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr8:57707700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781027.1
481 aa
N
1
240
481
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 24-140 aa PF00076 RRM_1 307-365 aa
XP_057781028.1
480 aa
N
1
240
480
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 24-140 aa PF00076 RRM_1 306-364 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781027.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 24 140 4.4e-32 111.7 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057781027.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 307 365 2.4e-12 47.2 RNA recognition motif
XP_057781028.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 24 140 4.4e-32 111.7 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057781028.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 364 2.4e-12 47.2 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925044.1
CACACGCGCGCACACACACACACATGTATATGTATATATAGTATATATACGTATTGATTAAATCTTGAAGAAAACCCTTTTTCCCACCTTCCCATTCGAGATCCACCACTCCTCCACCGCATTCGCCTCTTAAACCCTAGAAACCACCGCCGGGGCTGCGGGAATCACTCGCCGGAGTTTTTCAGAGATTCGGAGCTGAAGTCAGAAGTAGAGGGAGAAATAACCGAGGTCCGGTTTCTCTCTCCGAGCTCCTTGATTCG...
XM_057925045.1
ATATATAGTATATATACGTATTGATTAAATCTTGAAGAAAACCCTTTTTCCCACCTTCCCATTCGAGATCCACCACTCCTCCACCGCATTCGCCTCTTAAACCCTAGAAACCACCGCCGGGGCTGCGGGAATCACTCGCCGGAGTTTTTCAGAGATTCGGAGCTGAAGTCAGAAGTAGAGGGAGAAATAACCGAGGTCCGGTTTCTCTCTCCGAGCTCCTTGATTCGGATCCGATTTGTAGCCAGGGCTGATTTTTGGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999505
ATGGCAGCACCAGCGGCGGAGGTGGCGGTGGCGGTGGCGGAAACTCCGCAACCGGTTACTGCTCAAGTTGTCGGAAACGCATTTGTGACGCAGTACTATCACATACTGCATAAGTCACCAGGGCTTGTTCACAAATTTTATCAGGATGTCAGTAAGCTTGGTCGTCCTGAGGAGGATGGCTCCATGAGCATCACCACCACTATGCAAGCCATCAATGACAAAATTGTTTCGCTCAACTACTGGGACTTCACAGCTGAGAT...
LOC130999505
ATGGCAGCACCAGCGGCGGAGGTGGCGGTGGCGGTGGCGGAAACTCCGCAACCGGTTACTGCTCAAGTTGTCGGAAACGCATTTGTGACGCAGTACTATCACATACTGCATAAGTCACCAGGGCTTGTTCACAAATTTTATCAGGATGTCAGTAAGCTTGGTCGTCCTGAGGAGGATGGCTCCATGAGCATCACCACCACTATGCAAGCCATCAATGACAAAATTGTTTCGCTCAACTACTGGGACTTCACAGCTGAGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781027.1
MAAPAAEVAVAVAETPQPVTAQVVGNAFVTQYYHILHKSPGLVHKFYQDVSKLGRPEEDGSMSITTTMQAINDKIVSLNYWDFTAEIKSVDSQESFNGGVHVLVTGYLTGKDSKVSHFAQSFFLAPQDRGYFVLNDMFRYVNNFDANPALVPDVVAPVPEEPAAPVPAPENHVSEQSTPSAEEAVSGEVYNPPENGDVPVTEEVEEEEEEEVPVPEVVDEVQDNTEPMVETPAKTEAPKKSYASIVMHLKETAATFSPPP...
XP_057781028.1
MAAPAAEVAVAVAETPQPVTAQVVGNAFVTQYYHILHKSPGLVHKFYQDVSKLGRPEEDGSMSITTTMQAINDKIVSLNYWDFTAEIKSVDSQESFNGGVHVLVTGYLTGKDSKVSHFAQSFFLAPQDRGYFVLNDMFRYVNNFDANPALVPDVVAPVPEEPAPVPAPENHVSEQSTPSAEEAVSGEVYNPPENGDVPVTEEVEEEEEEEVPVPEVVDEVQDNTEPMVETPAKTEAPKKSYASIVMHLKETAATFSPPPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器