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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004861

染色体: Chr08 坐标: 57786211-57792025 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004861
名称SmilChr08G004861
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57786211 - 57792025 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999520
GeneID130999520
locus_tag-
NCBI NameLOC130999520
原始查询SmilChr08G004861

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
ArabidopsisAT3G24840 (AT3G24840)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822082]
identity=52.2; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0721800 (OsSNDP8)
-
identity=47.2; qcov=1.04; evalue=2.2e-180; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999520

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057781052.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057781047.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057781049.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057781047.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781052.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57786797 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 5 B12,B14,B69,B83,C62
Chr8:57786797 TAG T 2bp_deletion CDS_variant 5 B12,B14,B69,B83,C62
Chr8:57786951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B65,C11,C69
Chr8:57787251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr8:57787417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B3,B66,C21,D7
Chr8:57788333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:57789361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C36,C6,C62
Chr8:57789380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C66
Chr8:57789384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,B72
Chr8:57789511 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B131
Chr8:57789511 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B131
Chr8:57790235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B34,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781047.1
601 aa
N
1
300
601
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 102-123 aa PF00650 CRAL_TRIO 154-313 aa
XP_057781048.1
601 aa
N
1
300
601
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 102-123 aa PF00650 CRAL_TRIO 154-313 aa
XP_057781049.1
597 aa
N
1
298
597
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 98-119 aa PF00650 CRAL_TRIO 150-309 aa
XP_057781050.1
595 aa
N
1
298
595
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 96-117 aa PF00650 CRAL_TRIO 148-307 aa
XP_057781051.1
594 aa
N
1
297
594
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 95-116 aa PF00650 CRAL_TRIO 147-306 aa
XP_057781052.1
590 aa
N
1
295
590
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 91-112 aa PF00650 CRAL_TRIO 143-302 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781047.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 102 123 4.1e-06 27.6 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781047.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 154 313 6e-28 98.3 CRAL/TRIO domain
XP_057781048.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 102 123 4.1e-06 27.6 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781048.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 154 313 6e-28 98.3 CRAL/TRIO domain
XP_057781049.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 98 119 4.1e-06 27.6 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781049.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 150 309 5.9e-28 98.3 CRAL/TRIO domain
XP_057781050.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 96 117 4.1e-06 27.6 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781050.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 148 307 5.8e-28 98.3 CRAL/TRIO domain
XP_057781051.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 95 116 4e-06 27.6 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781051.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 147 306 5.8e-28 98.4 CRAL/TRIO domain
XP_057781052.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 91 112 4e-06 27.6 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057781052.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 143 302 5.7e-28 98.4 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925064.1
TATATATATATATATATATTATGCATATGTGTGTATTATACACACAAAATGCTGCAATCGAGGCATTCACGGGAATAGCATTTTCTAGAGAGAGAGAGAATGAGATTGATCTGAAAGCAGCCTTAACTAATTCCCCGCTCTCTACGTGAGCTGCAAATGCGTGCTTGTGCGTGTATTTAAGTTATAAGTCGGCGTGGCGGAGAGGAGCGATCGTCGATTGCCGATCGCCATCACAATTCGAATGCTGCTGCTTTTGGAAG...
XM_057925065.1
TATATATATATATATATATTATGCATATGTGTGTATTATACACACAAAATGCTGCAATCGAGGCATTCACGGGAATAGCATTTTCTAGAGAGAGAGAGAATGAGATTGATCTGAAAGCAGCCTTAACTAATTCCCCGCTCTCTACGTGAGCTGCAAATGCGTGCTTGTGCGTGTATTTAAGTTATAAGTCGGCGTGGCGGAGAGGAGCGATCGTCGATTGCCGATCGCCATCACAATTCGAATGCTGCTGCTTTTGGAAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130999520
ATGCTGCTGCTTTTGGAAGATGGAAGGGGAGATAGATTTGGTCATGAGATCATGTCTGAGGATGATAAAAGGAGGCGTCGGATGAGATCTTTGAGGAAAAAGGCAATGAATCCTTCAACAAGGACTGTGTGGGAGTCGAGGAAACGTGGACAGAGGGTGCATTGCCTGTTTGCCTCAGTTTGTACCGAAGAGTTTCTGGATAAGGAGGAAGAGATAGTGGTTAATGCATTTCGTCGAGCTTTGGTAGAAAGGGACATGCT...
LOC130999520
ATGCTGCTGCTTTTGGAAGAAATAGTTTTGGTTCATGAAGATGGAAGGGGAGATAGATTTGGTCATGAGATCATGTCTGAGGATGATAAAAGGAGGCGTCGGATGAGATCTTTGAGGAAAAAGGCAATGAATCCTTCAACAAGGACTGTGTGGGAGTCGAGGAAACGTGGACAGAGGGTGCATTGCCTGTTTGCCTCAGTTTGTACCGAAGAGTTTCTGGATAAGGAGGAAGAGATAGTGGTTAATGCATTTCGTCGAGC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057781047.1
MLLLLEEIVLVHEDGRGDRFGHEIMSEDDKRRRRMRSLRKKAMNPSTRTVWESRKRGQRVHCLFASVCTEEFLDKEEEIVVNAFRRALVERDMLLAHYDDYHTMLRFLKARKFDLDKTVQMWEEMLNWRKENGVDTIIQDFIYEEFEEVQLYYPHGYHGVDKGGRPVYIERLGKVEPSKLMNVTTVDRFLKYHVQGFEKAFAEKFAACSIAAKRHIDSTTTILDVHGLNWMSFGKIARDLVMRMQRIDSSNYPETLHQMF...
XP_057781048.1
MLLLLEEIVLVHEDGRGDRFGHEIMSEDDKRRRRMRSLRKKAMNPSTRTVWESRKRGQRVHCLFASVCTEEFLDKEEEIVVNAFRRALVERDMLLAHYDDYHTMLRFLKARKFDLDKTVQMWEEMLNWRKENGVDTIIQDFIYEEFEEVQLYYPHGYHGVDKGGRPVYIERLGKVEPSKLMNVTTVDRFLKYHVQGFEKAFAEKFAACSIAAKRHIDSTTTILDVHGLNWMSFGKIARDLVMRMQRIDSSNYPETLHQMF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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