当前解析结果
SmilChr08G004862| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004862 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004862 |
| 描述 | cytochrome b5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 57794054 - 57795771 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999522 |
|---|---|
| GeneID | 130999522 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999522 |
| 原始查询 | SmilChr08G004862 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b5-like |
| 产物 | cytochrome b5-like |
| Arabidopsis | AT5G48810 (CB5-D)cytochrome B5 isoform D [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834939] identity=73.5; qcov=1; evalue=4.14e-69; confidence=high |
| Rice | Os01g0971500- identity=72.5; qcov=0.992; evalue=4.19e-71; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999522 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057781054.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057781054.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781054.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781054.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781054.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:57794339 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr8:57795211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,C29 |
Chr8:57795492 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D8 |
Chr8:57795492 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781054.1PF00173
Cyt-b5 6-77 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781054.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 6 | 77 | 6.9e-30 | 103.6 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。