当前解析结果
SmilChr08G004866| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004866 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004866 |
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 57816256 - 57817225 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999526 |
|---|---|
| GeneID | 130999526 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999526 |
| 原始查询 | SmilChr08G004866 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 产物 | dirigent protein 22-like |
| Arabidopsis | AT1G58170 (AT1G58170)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842184] identity=67.3; qcov=0.781; evalue=3.25e-71; confidence=high |
| Rice | Os11g0180000- identity=55.6; qcov=0.75; evalue=1.95e-54; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999526 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057781057.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057781057.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781057.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781057.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781057.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:57816546 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B12,C38 |
Chr8:57816566 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,B8 |
Chr8:57816593 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C48,C67 |
Chr8:57816650 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr8:57816656 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr8:57816743 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr8:57816797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr8:57816815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,C25 |
Chr8:57816836 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr8:57816911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,B58 |
Chr8:57816937 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr8:57816987 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B133,B23,B94 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781057.1PF03018
Dirigent 51-190 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781057.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 51 | 190 | 1.3e-52 | 178.1 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。