Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004883`

染色体: Chr08 坐标: 57911527-57913336 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004883`
名称	SmilChr08G004883
描述	ninja-family protein AFP3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	57911527 - 57913336 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999539`
GeneID	`130999539`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999539`
原始查询	`SmilChr08G004883`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ninja-family protein AFP3-like
产物	ninja-family protein AFP3-like
Arabidopsis	`AT3G07255` (AT3G07255) nuclear transport factor 2/RNA recognition motif protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28718981] identity=63; qcov=0.243; evalue=1.56e-32; confidence=weak
Rice	`Os03g0419100` - identity=65.3; qcov=0.225; evalue=2.24e-23; confidence=weak
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0007165 (signal transduction); GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF16135 (TDBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999539

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781074.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781074.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781074.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781074.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057781074.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:57911602`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B15,B51
`Chr8:57911602`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B15,B51
`Chr8:57911610`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A16,B8
`Chr8:57911610`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A16,B8
`Chr8:57911779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B31,B34,C61,C67,D5
`Chr8:57911825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr8:57911880`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr8:57912890`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr8:57912950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C76,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781074.1

334 aa

167

334

TDBD

PF16135 TDBD 297-330 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781074.1`	Pfam	`PF16135`	TDBD	Domain	297	330	1.7e-08	35.0	Tify domain binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925091.1
CTCTCTCCGCTCGTTTCTCTCTCATGCGTCTGCATTCAACGTTGTTCAAACCTAGTCCAACCGAAAATTTTGAAATTAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGGAGAATGGGGGGTTGCGAGGAGCTGAGCTTGGAGCTGTCGATAGGGGGTAAGTACGCGGGAAAATCAGAGGATTTGGGGGAGAAAAGTAAGGATTTCCGCGGGATTAATTGCGAGAGAAGCGATTTCGGCGTTTCGCGATGTGATTTCTCCGGGGGGTGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999539
ATGCGTCTGCATTCAACGTTGTTCAAACCTAGTCCAACCGAAAATTTTGAAATTAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGGAGAATGGGGGGTTGCGAGGAGCTGAGCTTGGAGCTGTCGATAGGGGGTAAGTACGCGGGAAAATCAGAGGATTTGGGGGAGAAAAGTAAGGATTTCCGCGGGATTAATTGCGAGAGAAGCGATTTCGGCGTTTCGCGATGTGATTTCTCCGGGGGGTGCGCCGAAGCGATGGATCTGCAGAGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781074.1
MRLHSTLFKPSPTENFEIRERERERRMGGCEELSLELSIGGKYAGKSEDLGEKSKDFRGINCERSDFGVSRCDFSGGCAEAMDLQRRREIQASRRQEARRKREEKVKRSRGGNAVGFVDDKVFLEAQRFQERVRDREIREKDCFIEEGKSRKNGNGDELGLSLFSEEKGRERSGCLYPKVQLVQAKSDDSENSNGVKSLEQCSSAASDFHSMSQKGGSSSDAGSHVDQIDGHDSPSQAAEIERTKLAPTMNPQPTSASSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器