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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004902

染色体: Chr08 坐标: 58031423-58033881 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004902
名称SmilChr08G004902
描述metal tolerance protein 4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58031423 - 58033881 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999555
GeneID130999555
locus_tag-
NCBI NameLOC130999555
原始查询SmilChr08G004902

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述metal tolerance protein 4-like
产物metal tolerance protein 4-like
ArabidopsisAT3G58060 (AT3G58060)
Cation efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824975]
identity=71.7; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0226400 (OsMTP8.1)
-
identity=73.5; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005384 (manganese ion transmembrane transporter activity); GO:0006812 (monoatomic cation transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01545 (Cation_efflux); PF16916 (ZT_dimer)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057781099.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057781099.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057781099.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057781099.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057781099.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:58031525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B40,B5
Chr8:58031557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr8:58031656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,B40
Chr8:58031666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B93
Chr8:58032154 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B40
Chr8:58032154 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B40
Chr8:58032230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr8:58032769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C45
Chr8:58032913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B81,B88,C25,D1
Chr8:58032935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:58033042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr8:58033048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781099.1
408 aa
N
1
204
408
Cation_efflux
ZT_dimer
C
PF01545 Cation_efflux 116-309 aa PF16916 ZT_dimer 314-389 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781099.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 116 309 8.2e-27 95.0 Cation efflux transmembrane domain
XP_057781099.1 Pfam PF16916 ZT_dimer Domain 314 389 2.8e-11 44.0 Cation efflux protein, cytoplasmic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925116.1
ATAGTATTAGGAAGAGACGCGCAACCAAAAATCCGGTAAAAGATTCCAACTGTAATAATGGAGCCGGAAACCAAAACAGGCGGCGGCGACACCAAAACGCCTCTGTTGCAGCGCGGCGGCAGCGGGCGGCGCGGCCGTCTAAGTCGCCGGAACTCTGTGAACTCGCTCCGCAACGACTTCATTTCCCGGCTGCCCGATAATGTCCGGTCAGCAGTTGACCCTGAGCTTCCTTCCTCTCATATTGATCTCTCCAGAGCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999555
ATGGAGCCGGAAACCAAAACAGGCGGCGGCGACACCAAAACGCCTCTGTTGCAGCGCGGCGGCAGCGGGCGGCGCGGCCGTCTAAGTCGCCGGAACTCTGTGAACTCGCTCCGCAACGACTTCATTTCCCGGCTGCCCGATAATGTCCGGTCAGCAGTTGACCCTGAGCTTCCTTCCTCTCATATTGATCTCTCCAGAGCTCAGGGTTTGAGCCAAGGAGAGAAGGATTACTATGAAAGGCAATTTGCTACATTGAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781099.1
MEPETKTGGGDTKTPLLQRGGSGRRGRLSRRNSVNSLRNDFISRLPDNVRSAVDPELPSSHIDLSRAQGLSQGEKDYYERQFATLKSFGEVDSVVLSEEIDEEDLEEQAQHERAMKISNYANVLLLAFKIYATIKSGSLAIAASTLDSLLDLMAGGILWFSHLAMKNVNIYKYPIGKLRVQPVGIIIFAAVMATLGFQVLVQAVEQLVEATPAAKMTADQLVWLYSIMLSATAVKLALWFYCRSSGNKIVRAYAKDHYFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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