当前解析结果
SmilChr08G004904| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004904 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004904 |
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 58037881 - 58038899 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999557 |
|---|---|
| GeneID | 130999557 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999557 |
| 原始查询 | SmilChr08G004904 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 产物 | dirigent protein 22-like |
| Arabidopsis | AT1G58170 (AT1G58170)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842184] identity=66.7; qcov=0.785; evalue=2.79e-70; confidence=high |
| Rice | Os12g0174700- identity=52; qcov=0.764; evalue=3.44e-53; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999557 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057781100.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057781100.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781100.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781100.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781100.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:58038197 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr8:58038210 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr8:58038234 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B71,C45 |
Chr8:58038252 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B115,B42,B43,B66,C43 |
Chr8:58038271 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C36 |
Chr8:58038271 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C36 |
Chr8:58038324 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr8:58038424 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,A5,B20,B83 |
Chr8:58038456 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B133,B35,C38,C67 |
Chr8:58038483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,B88 |
Chr8:58038504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr8:58038579 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B34,B58,B82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781100.1PF03018
Dirigent 50-189 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781100.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 50 | 189 | 1.4e-52 | 178.1 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。