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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004921

染色体: Chr08 坐标: 58147379-58150801 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004921
名称SmilChr08G004921
描述IQ domain-containing protein IQM2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58147379 - 58150801 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999572
GeneID130999572
locus_tag-
NCBI NameLOC130999572
原始查询SmilChr08G004921

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述IQ domain-containing protein IQM2-like
产物IQ domain-containing protein IQM2-like
ArabidopsisAT3G13600 (AT3G13600)
calmodulin-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820562]
identity=56; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0411500 (OsSTA242)
-
identity=52.4; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF30383 (IQM_M)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999572

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057781114.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057781114.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057781114.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781114.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781114.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:58148361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr8:58148370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C46
Chr8:58148420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr8:58148436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr8:58148477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,B5
Chr8:58148517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr8:58148613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr8:58148673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B38,B39
Chr8:58148992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B83
Chr8:58149336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C82
Chr8:58149384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:58149396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781114.1
625 aa
N
1
312
625
IQM_M
C
PF30383 IQM_M 273-367 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781114.1 Pfam PF30383 IQM_M Domain 273 367 3.2e-43 146.5 IQ motif-containing protein middle domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925131.1
AGAAGACGAAGAACACAGCTACATTTAGCCTAAAACAAATCATATACCCAAGAAAAGGCCCGCTGAAGTAGAGACCCTTTTGCTGTTTCTTGATTTATATTTCAAGATTATCTCTGTTCCATCTAGCTTGGCATTGATTCAGGTGAAATAGAACATTTCCATTACTCCAAAATTGCATGGGGGTATCCTGTTCATGTCCACTTAGTTTCTTTTTTGATTTGGAGAATGGATTTGAATCAATGGTTGCAAATTCATTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999572
ATGGGGGTATCCTGTTCATGTCCACTTAGTTTCTTTTTTGATTTGGAGAATGGATTTGAATCAATGGTTGCAAATTCATTCAAACTAGAGAGTGATGAGAGGAACACACCGGTTCGATCTTCGAGCTTCAGGGGCAGCAAGGTTACCGAGCCTGTAAGATTGCAGTCATTTGGCTCGGGGAAGCTGTCGAGGGAAGGATCTCTTAGGTTCAGAGCCAAGAAAACTCAAACCATGAGATTCATCGAGGCTCAAGCCGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781114.1
MGVSCSCPLSFFFDLENGFESMVANSFKLESDERNTPVRSSSFRGSKVTEPVRLQSFGSGKLSREGSLRFRAKKTQTMRFIEAQADDGATGQESVGLLSRSGSLMGNTPHSPVLDPSSPKHEAAIKLQKVYKSFRTRRKLADCAVLIEQSWWKVLDFAELKRSSISFFDIEKHETAMSRWSRARTRAAKVGKGLSQNSKAQKLALQHWLEAIDPRHRYGHNLHFYYMKWLNSQSKEPFFYWLDIGEGKEVNLTEKCPRSK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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