当前解析结果
SmilChr08G004921| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004921 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004921 |
| 描述 | IQ domain-containing protein IQM2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 58147379 - 58150801 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999572 |
|---|---|
| GeneID | 130999572 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999572 |
| 原始查询 | SmilChr08G004921 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | IQ domain-containing protein IQM2-like |
| 产物 | IQ domain-containing protein IQM2-like |
| Arabidopsis | AT3G13600 (AT3G13600)calmodulin-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820562] identity=56; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0411500 (OsSTA242)- identity=52.4; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30383 (IQM_M) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999572 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057781114.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057781114.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057781114.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781114.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781114.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:58148361 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr8:58148370 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,C46 |
Chr8:58148420 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr8:58148436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr8:58148477 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,B5 |
Chr8:58148517 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr8:58148613 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr8:58148673 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B135,B38,B39 |
Chr8:58148992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B83 |
Chr8:58149336 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,C82 |
Chr8:58149384 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr8:58149396 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781114.1PF30383
IQM_M 273-367 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781114.1 |
Pfam | PF30383 |
IQM_M | Domain | 273 | 367 | 3.2e-43 | 146.5 | IQ motif-containing protein middle domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。