Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004924`

染色体: Chr08 坐标: 58163976-58165153 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004924`
名称	SmilChr08G004924
描述	ethylene-responsive transcription factor ERN1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	58163976 - 58165153 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999580`
GeneID	`130999580`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999580`
原始查询	`SmilChr08G004924`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ethylene-responsive transcription factor ERN1-like
产物	ethylene-responsive transcription factor ERN1-like
Arabidopsis	`AT5G19790` (RAP2.11) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832099] identity=40; qcov=0.977; evalue=7.12e-41; confidence=medium
Rice	`Os07g0204000` (OsERF#005) - identity=39.2; qcov=0.889; evalue=1.16e-35; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00847 (AP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999580

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781131.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781131.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781131.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781131.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057781131.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:58164197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr8:58164222`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	123	A11,A13,A15,A16,A19,A21,A23,A6,A7,B1,B10,B100,B101,B102,B111,B113,B114,B118,B12,B121,B122,B125,B126,B131,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B23,B24,B26,B27,B30,B32,B33,B36,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B51,B54,B55,B56,B57,B59,B61,B63,B64,B65,B67,B68,B71,B73,B74,B78,B8,B81,B84,B88,B90,B92,B94,B96,B98,C1,C11,C13,C14,C17,C18,C19,C2,C23,C25,C30,C33,C35,C36,C40,C42,C44,C45,C47,C5,C50,C51,C52,C54,C59,C6,C62,C64,C66,C69,C77,C79,C82,C83,C85,C87,C9,D1,D11,D3,D7,D9
`Chr8:58164223`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B17
`Chr8:58164223`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B17
`Chr8:58164224`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A13,B100,B113,B132,B139,B23,B30,B49,B59,C13,C19,C23,C45,C82
`Chr8:58164251`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	23	B10,B104,B117,B119,B122,B131,B133,B17,B32,B58,B72,B77,B87,B89,C14,C23,C27,C29,C38,C71,C77,C79,C81
`Chr8:58164296`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr8:58164321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr8:58164373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B49,C82
`Chr8:58164472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B2,B7
`Chr8:58164508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr8:58164605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781131.1

261 aa

130

261

AP2

PF00847 AP2 49-99 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781131.1`	Pfam	`PF00847`	AP2	Domain	49	99	2.5e-15	57.2	AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925148.1
TTTGACAGTTCATCCAACATTGTCGAAACCTTCCTATGACTAATACTAAACTGTTCCTACAATTAGTGGCATTCACTAAATAAGCCTTAATCTTATCTACACACAGCCTAGAACGTGTTAAGCAATATGCATTAACAAGATAATCTCCATCATGCTTAGGACTAATGACAAAATCTCTTCATTGAAAAATCAGGCAACTAATCACACAAGACAACTAAATGGGACAAGCCCACACCTTCTATAAGACAACATTCCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999580
ATGGGACAAGCCCACACCTTCTATAAGACAACATTCCTCTCTTCTCCCCTACCATCTCAAGACATGGCACCAGCTATGGATCTCCAATTCCACGGCACGACCGGCCATGGAACGTCCAGGTCACGGGGTCGTCACTCCACCAGAAGCAAGTTCGTGGGCGTGAGGCAGAGGCCCTCGGGCAAATGGGTTGCGGAGATCAAGAACACGACTCAAAAGATCAGGATGTGGCTAGGCACGTTCGACACTGCTGAAGAGGCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781131.1
MGQAHTFYKTTFLSSPLPSQDMAPAMDLQFHGTTGHGTSRSRGRHSTRSKFVGVRQRPSGKWVAEIKNTTQKIRMWLGTFDTAEEAARAYDEAACLLRGSNARTNFFNSIPCKPALSLKIRNLFNEKRGLNKASPSSPNQETNIVSPSLSQTSGTNPTSCSNNNNISVLNPAYLEDAIKPHSSCFVGGYEAPPMPRCSYLDQVSAYVMDHNKSIHQQEGFYVQKGDGQVMNEAHFSDFELMNECNDPSWDFPTLCQMFCQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器