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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004925

染色体: Chr08 坐标: 58166677-58171258 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004925
名称SmilChr08G004925
描述uncharacterized SmilChr08G004925
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58166677 - 58171258 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999576
GeneID130999576
locus_tag-
NCBI NameLOC130999576
原始查询SmilChr08G004925

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histidine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820187]; symbol=AT3G10250; hit=AT3G10250; species=arabidopsis; confidence=medium
产物histidine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820187]; symbol=AT3G10250; hit=AT3G10250; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G10250 (AT3G10250)
histidine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820187]
identity=41.3; qcov=1.05; evalue=1.92e-80; confidence=medium
RiceOs02g0137100
-
identity=44; qcov=1.05; evalue=7.82e-75; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF09713 (A_thal_3526)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781118.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057781118.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781118.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781118.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781118.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:58169372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B45,B63,B89,B95
Chr8:58169428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C13,C37,C78,C8
Chr8:58169436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C85
Chr8:58169718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr8:58169841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:58169868 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B107
Chr8:58169868 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B107
Chr8:58169965 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B69
Chr8:58170524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781118.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
XP_057781119.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
XP_057781120.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
XP_057781121.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
XP_057781122.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
XP_057781123.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
XP_057781124.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
XP_057781126.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
XP_057781127.1
310 aa
N
1
155
310
A_thal_3526
C
PF09713 A_thal_3526 17-68 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781118.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)
XP_057781119.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)
XP_057781120.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)
XP_057781121.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)
XP_057781122.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)
XP_057781123.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)
XP_057781124.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)
XP_057781126.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)
XP_057781127.1 Pfam PF09713 A_thal_3526 Domain 17 68 1.1e-22 80.7 Plant protein 1589 of unknown function (A_thal_3526)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925136.1
AAAAATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGGAATTACACGAAAGAAAAGCACAAAGAAGGGCATGTAATGGGAGTGTAGCCACGTCATCTCCATAGCTTTCCCTTTCTACAATAAAAAGACCAAATATTTGAATCAAATTCTCTTAATACAATAGCAGCTACTAACCTCAAACAACTTCCTTCACTTCTCACTGCTTCCTGTTTCTGTACAAATTGTTCACTTCTTTTCTACCAAGAAAAAAACAGATATTATTTCTAC...
XM_057925135.1
ATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGGAATTACACGAAAGAAAAGCACAAAGAAGGGCATGTAATGGGAGTGTAGCCACGTCATCTCCATAGCTTTCCCTTTCTACAATAAAAAGACCAAATATTTGAATCAAATTCTCTTAATACAATAGCAGCTACTAACCTCAAACAACTTCCTTCACTTCTCACTGCTTCCTGTTTCTGTACAAATTGTTCACTTCTTTTCTACCAAGAAAAAAACAGATATTATTTCTACTCCT...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC130999576
ATGTCCGGTGGGGAGGGCAGAAAACTATCGAATCAAGATGTACAGCTGGTGCAAAATCGTATTGAACAGTGTCTTCAGCATTACATGAATAAAAAGGAAGTCATTAACGCTCTCATCGTTCAGGGCAACATTGAGCCTTGTATTACTGAATTAGTTTGGCAGAGGCTTGAAGAAGAAAATCAAGAATTTTTCAAGGCTTATTATCTCAAGTTGTTGGTGAAGGAACAAATAATGGAATTCAACCGGTTGCTTTCGGAACA...
LOC130999576
ATGTCCGGTGGGGAGGGCAGAAAACTATCGAATCAAGATGTACAGCTGGTGCAAAATCGTATTGAACAGTGTCTTCAGCATTACATGAATAAAAAGGAAGTCATTAACGCTCTCATCGTTCAGGGCAACATTGAGCCTTGTATTACTGAATTAGTTTGGCAGAGGCTTGAAGAAGAAAATCAAGAATTTTTCAAGGCTTATTATCTCAAGTTGTTGGTGAAGGAACAAATAATGGAATTCAACCGGTTGCTTTCGGAACA...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057781118.1
MSGGEGRKLSNQDVQLVQNRIEQCLQHYMNKKEVINALIVQGNIEPCITELVWQRLEEENQEFFKAYYLKLLVKEQIMEFNRLLSEQVELMRRTGLNGITPYLPSNGSHVSPTQHISTTCPQNNSRPVKAENMQQANMFNNCGSAMQSCLQGTINGPVHNRKIDVSPNLLVAGNSDMGLSQMINGKSVKTEAGYAGSSPFAFSPPSNYLESRPLMGDASVSSFSSVDSNAQHLNDTLMDGDTSSFGFLAQIPQSFPELAA...
XP_057781119.1
MSGGEGRKLSNQDVQLVQNRIEQCLQHYMNKKEVINALIVQGNIEPCITELVWQRLEEENQEFFKAYYLKLLVKEQIMEFNRLLSEQVELMRRTGLNGITPYLPSNGSHVSPTQHISTTCPQNNSRPVKAENMQQANMFNNCGSAMQSCLQGTINGPVHNRKIDVSPNLLVAGNSDMGLSQMINGKSVKTEAGYAGSSPFAFSPPSNYLESRPLMGDASVSSFSSVDSNAQHLNDTLMDGDTSSFGFLAQIPQSFPELAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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