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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004948

染色体: Chr08 坐标: 58352387-58355790 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004948
名称SmilChr08G004948
描述3-isopropylmalate dehydratase small subunit 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58352387 - 58355790 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999603
GeneID130999603
locus_tag-
NCBI NameLOC130999603
原始查询SmilChr08G004948

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述3-isopropylmalate dehydratase small subunit 1-like
产物3-isopropylmalate dehydratase small subunit 1-like
ArabidopsisAT2G43090 (AT2G43090)
Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818911]
identity=66.9; qcov=1.01; evalue=1.71e-109; confidence=high
RiceOs02g0655300
-
identity=73.6; qcov=0.74; evalue=6.53e-88; confidence=high
GOGO:0016836 (hydro-lyase activity)
KEGGsmil00290 (Valine, leucine and isoleucine biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00660 (C5-Branched dibasic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01210 (2-Oxocarboxylic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00694 (Aconitase_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057781165.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057781165.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781165.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781165.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781165.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:58354868 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 24 A22,A6,A8,B107,B115,B121,B137,B20,B37,B42,B43,B54,B70,B75,B76,B80,B85,B94,C15,C4,C49,C50,C57,D6
Chr8:58354896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:58354908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,D11
Chr8:58354919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C35
Chr8:58354926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B98
Chr8:58354935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr8:58354975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr8:58355006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr8:58355009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr8:58355045 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 41 A1,A18,A19,A24,B10,B101,B107,B109,B115,B17,B32,B34,B35,B47,B50,B56,B6,B65,B67,B71,B72,B74,B75,B77,B80,B82,B85,B87,B90,B91,B97,C21,C37,C49,C52,C53,C58,C71,C73,D10,D7
Chr8:58355063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr8:58355067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781165.1
246 aa
N
1
123
246
Aconitase_C
C
PF00694 Aconitase_C 128-175 aa
XP_057781166.1
246 aa
N
1
123
246
Aconitase_C
C
PF00694 Aconitase_C 128-175 aa
XP_057781167.1
246 aa
N
1
123
246
Aconitase_C
C
PF00694 Aconitase_C 128-175 aa
XP_057781168.1
246 aa
N
1
123
246
Aconitase_C
C
PF00694 Aconitase_C 128-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781165.1 Pfam PF00694 Aconitase_C Domain 128 175 6.7e-18 66.0 Aconitase C-terminal domain
XP_057781166.1 Pfam PF00694 Aconitase_C Domain 128 175 6.7e-18 66.0 Aconitase C-terminal domain
XP_057781167.1 Pfam PF00694 Aconitase_C Domain 128 175 6.7e-18 66.0 Aconitase C-terminal domain
XP_057781168.1 Pfam PF00694 Aconitase_C Domain 128 175 6.7e-18 66.0 Aconitase C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925184.1
CTCGATGAAATTTGTTTGCATTCGAATATTTCGGAGAGCCCAAGCCCAATATTTAAAAGACAAATACACATTTTAGAAAATACTAGTACTACTCCATATTGGCGGCCGCTGCCTGCACCTAATGCTTACATTCACAAGTTACAACTCACAAACACCACACACTCTCTCTCCACCAAAACAATGGCGATCTCAACACCACCCACTTTCAATCTCTCCTCCGGAAACCCTAATTCTTCTTCTCTGCCCCACCTCAAGCTCAC...
XM_057925185.1
CTCGATGAAATTTGTTTGCATTCGAATATTTCGGAGAGCCCAAGCCCAATATTTAAAAGACAAATACACATTTTAGAAAATACTAGTACTACTCCATATTGGCGGCCGCTGCCTGCACCTAATGCTTACATTCACAAGTTACAACTCACAAACACCACACACTCTCTCTCCACCAAAACAATGGCGATCTCAACACCACCCACTTTCAATCTCTCCTCCGGAAACCCTAATTCTTCTTCTCTGCCCCACCTCAAGCTCAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999603
ATGGCGATCTCAACACCACCCACTTTCAATCTCTCCTCCGGAAACCCTAATTCTTCTTCTCTGCCCCACCTCAAGCTCACCTCCTGCAATGTCAATCCATCAATCTCCTACTCCCAATCCCTCAAGCTCGACCGTAATTCCCGATTCCTAACCGCCGCCACCGCTTCCCCGTCCTCCGCCTCCCCCGGTACCAACTCATTTCACGGCCTGTGCTACGTCGTCGGAGACAACATCGACACCGACCAAATCATCCCCGCCGA...
LOC130999603
ATGGCGATCTCAACACCACCCACTTTCAATCTCTCCTCCGGAAACCCTAATTCTTCTTCTCTGCCCCACCTCAAGCTCACCTCCTGCAATGTCAATCCATCAATCTCCTACTCCCAATCCCTCAAGCTCGACCGTAATTCCCGATTCCTAACCGCCGCCACCGCTTCCCCGTCCTCCGCCTCCCCCGGTACCAACTCATTTCACGGCCTGTGCTACGTCGTCGGAGACAACATCGACACCGACCAAATCATCCCCGCCGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057781165.1
MAISTPPTFNLSSGNPNSSSLPHLKLTSCNVNPSISYSQSLKLDRNSRFLTAATASPSSASPGTNSFHGLCYVVGDNIDTDQIIPAEYLTLVPSNPDEYEKLGSYALIGLPASYGARFIEPGATKTKYAIVIGGDNFGCGSSREHAPVALGASGVAAVVAESYARIFFRNSVATGEIYPLESEGRLCDECTTGDVVTIELGESKLINHTTGKEYKLKPIGDAGPVIEAGGIFAYARKAGMIPSRDA
XP_057781166.1
MAISTPPTFNLSSGNPNSSSLPHLKLTSCNVNPSISYSQSLKLDRNSRFLTAATASPSSASPGTNSFHGLCYVVGDNIDTDQIIPAEYLTLVPSNPDEYEKLGSYALIGLPASYGARFIEPGATKTKYAIVIGGDNFGCGSSREHAPVALGASGVAAVVAESYARIFFRNSVATGEIYPLESEGRLCDECTTGDVVTIELGESKLINHTTGKEYKLKPIGDAGPVIEAGGIFAYARKAGMIPSRDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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