Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004953`

染色体: Chr08 坐标: 58377994-58381689 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004953`
名称	SmilChr08G004953
描述	uncharacterized SmilChr08G004953
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	58377994 - 58381689 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999606`
GeneID	`130999606`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999606`
原始查询	`SmilChr08G004953`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842001]; symbol=AT1G55535; hit=AT1G55535; species=arabidopsis; confidence=high
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842001]; symbol=AT1G55535; hit=AT1G55535; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G55535` (AT1G55535) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842001] identity=53.1; qcov=0.773; evalue=8.94e-53; confidence=high
Rice	`Os07g0223700` - identity=44.2; qcov=0.995; evalue=8.79e-45; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999606

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057781170.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.60000	`XP_057781170.1`
3	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057781170.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057781170.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781170.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:58380866`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr8:58380917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:58381178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B62,B69,C70,C72
`Chr8:58381201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B83
`Chr8:58381333`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093545.1
ATGCGTTGTTGCTGTGGATCGGGATCGCGGCGGTGGATTGGCAACTACGACAAGGTGCAGCGGGTGGCGCTGGTGCTGATCTACGGTCAGATTGGGTGCTCGCTGCTGGGATCGCTCTCCCCGCTCTACAATGGCGTCCTGATCCTCCATTTAGGGGTTTCGCTCTTCGGTCTGGTGGCGGTGGAGAGCAGCAATCAGAGCCTGGCCCGCACATACGCCTTCCTCCTCTTCTGCTCCTTGTTCCTCGACCTCTCATGGTT...

XM_057925191.1
ATGCGTTGTTGCTGTGGATCGGGATCGCGGCGGTGGATTGGCAACTACGACAAGGTGCAGCGGGTGGCGCTGGTGCTGATCTACGGTCAGATTGGGTGCTCGCTGCTGGGATCGCTCTCCCCGCTCTACAATGGCGTCCTGATCCTCCATTTAGGGGTTTCGCTCTTCGGTCTGGTGGCGGTGGAGAGCAGCAATCAGAGCCTGGCCCGCACATACGCCTTCCTCCTCTTCTGCTCCTTGTTCCTCGACCTCTCATGGTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC130999606
ATGCGTTGTTGCTGTGGATCGGGATCGCGGCGGTGGATTGGCAACTACGACAAGGTGCAGCGGGTGGCGCTGGTGCTGATCTACGGTCAGATTGGGTGCTCGCTGCTGGGATCGCTCTCCCCGCTCTACAATGGCGTCCTGATCCTCCATTTAGGGGTTTCGCTCTTCGGTCTGGTGGCGGTGGAGAGCAGCAATCAGAGCCTGGCCCGCACATACGCCTTCCTCCTCTTCTGCTCCTTGTTCCTCGACCTCTCATGGTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057781170.1
MRCCCGSGSRRWIGNYDKVQRVALVLIYGQIGCSLLGSLSPLYNGVLILHLGVSLFGLVAVESSNQSLARTYAFLLFCSLFLDLSWFFLFSHQIWHFPAGIYGRLAAYAVKLTLVVQIAGVSARLLSSLLWIQMYRLGGSAARDGDTDADLRFSFLNPAVRHPYDVIDDDPANFLPPFGRDDASRFGVQAIQNGDDSGTSQPHSFKF

XP_057781171.1
MRCCCGSGSRRWIGNYDKVQRVALVLIYGQIGCSLLGSLSPLYNGVLILHLGVSLFGLVAVESSNQSLARTYAFLLFCSLFLDLSWFFLFSHQIWHFPAGIYGRLAAYAVKLTLVVQIAGVSARLLSSLLWIQMYRLGGSAARDGDTDADLRFSFLNPAVRHPYDVIDDDPANFLPPFGRDDASRFGVQAIQNGDDSGTSQPHSFKF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器