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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004962

染色体: Chr08 坐标: 58432641-58433219 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004962
名称SmilChr08G004962
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向58432641 - 58433219 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998842
GeneID130998842
locus_tag-
NCBI NameLOC130998842
原始查询SmilChr08G004962

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=39.5; qcov=0.766; evalue=3.26e-31; confidence=medium
RiceOs08g0125300
-
identity=52.4; qcov=0.995; evalue=1.83e-58; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998842

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780230.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057780230.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780230.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780230.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:58432664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,C2,C62
Chr8:58432703 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 39 A15,A18,A21,A8,B101,B110,B113,B126,B127,B135,B20,B21,B25,B27,B3,B33,B4,B44,B55,B66,B68,B87,B88,B9,B91,B93,B97,B98,C26,C29,C3,C33,C46,C64,C66,C80,D2,D3,D5
Chr8:58432764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B120,B67,C54
Chr8:58432782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B62,B8,C42,C47
Chr8:58432802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,D4,D7
Chr8:58432817 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B50
Chr8:58432817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr8:58432831 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B13,D11
Chr8:58432844 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B112,B77
Chr8:58432844 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 2 B112,B77
Chr8:58432866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:58432938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B80,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924247.1
ATGGAGAATCCAACCACTACGCATTTTAAGGCGGCAAAGAGAATTCTTCGCTACCTCAAAGGTACGCTCGACTATGGCCTATTCTATTCAAATACTCATGATTATAAGCTTGTTGGCTATAGTGATAGCGATTGGGCTAGAGATAATGATGGCCGCAAGAGTACGAGCGGGTTCGTGTTTTTTATGGGAGACACCGCTTTCACCTGGATGTCCAAGAAGCAACCCATAGTTACGCTATCAACGTGTGAAGCTGAATATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998842
ATGGAGAATCCAACCACTACGCATTTTAAGGCGGCAAAGAGAATTCTTCGCTACCTCAAAGGTACGCTCGACTATGGCCTATTCTATTCAAATACTCATGATTATAAGCTTGTTGGCTATAGTGATAGCGATTGGGCTAGAGATAATGATGGCCGCAAGAGTACGAGCGGGTTCGTGTTTTTTATGGGAGACACCGCTTTCACCTGGATGTCCAAGAAGCAACCCATAGTTACGCTATCAACGTGTGAAGCTGAATATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780230.1
MENPTTTHFKAAKRILRYLKGTLDYGLFYSNTHDYKLVGYSDSDWARDNDGRKSTSGFVFFMGDTAFTWMSKKQPIVTLSTCEAEYVAATSSVCHAVWLRSLLEELGWTQKEPTTICVDNKSAIVLSKNPVFHNRSKHIDTRFHYIRECIAKKEVQVEYVKSQDQVADIFTKQLKFEDFAKIRNLLGMTNQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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