Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000278

染色体: Chr07 坐标: 1800601-1804871 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000278
名称SmilChr07G000278
描述cysteine synthase
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向1800601 - 1804871 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991471
GeneID130991471
locus_tag-
NCBI NameLOC130991471
原始查询SmilChr07G000278

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cysteine synthase
产物cysteine synthase
ArabidopsisAT4G14880 (OASA1)
O-acetylserine (thiol) lyase (OAS-TL) isoform A1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827145]
identity=84.2; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0625000 (rcs1)
-
identity=82.7; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004124 (cysteine synthase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006535 (GO:0006535)
KEGGsmil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00920 (Sulfur metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01320 (Sulfur cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00291 (PALP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991471

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771699.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771699.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771699.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771699.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771699.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:1800789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:1800840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C48
Chr7:1800876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B46
Chr7:1801674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C13
Chr7:1801697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr7:1801718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:1801876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr7:1801884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B17,C30,C36,C6
Chr7:1802878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:1802893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B95,C13
Chr7:1803682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B66,B71,B78,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771699.1
325 aa
N
1
162
325
PALP
C
PF00291 PALP 12-299 aa
XP_057771700.1
325 aa
N
1
162
325
PALP
C
PF00291 PALP 12-299 aa
XP_057771701.1
325 aa
N
1
162
325
PALP
C
PF00291 PALP 12-299 aa
XP_057771702.1
325 aa
N
1
162
325
PALP
C
PF00291 PALP 12-299 aa
XP_057771703.1
325 aa
N
1
162
325
PALP
C
PF00291 PALP 12-299 aa
XP_057771704.1
325 aa
N
1
162
325
PALP
C
PF00291 PALP 12-299 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771699.1 Pfam PF00291 PALP Family 12 299 1.1e-75 255.4 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
XP_057771700.1 Pfam PF00291 PALP Family 12 299 1.1e-75 255.4 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
XP_057771701.1 Pfam PF00291 PALP Family 12 299 1.1e-75 255.4 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
XP_057771702.1 Pfam PF00291 PALP Family 12 299 1.1e-75 255.4 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
XP_057771703.1 Pfam PF00291 PALP Family 12 299 1.1e-75 255.4 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
XP_057771704.1 Pfam PF00291 PALP Family 12 299 1.1e-75 255.4 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915719.1
AGGCGCCATTCATTGGATAAGCTTATCACCATTATTTAAGAAAAAATATAGTATATTTAAATATTAAAATAAAAACTATCGTGATTAACGTCACAGCGGCGACATCGTGCACAAACACGAAGGATTAATCGAGAAATATGGCCGAGGGAAATGTTGGAATAGCTAAGGATGTAACTGAATTGATTGGTAACACTCCTTTGGTATACTTGAACAAAATTACCGAGGGTTGTGTTGCGCGTGTCGCGGCCAAGCTGGAGTCG...
XM_057915716.1
TTTCATTTTTGAGTATATAAACTAGATTATATTTATACGAGGTCACTTCGTTTCTCGTTATTTCAACCAACAGTTCAGAAAAAGCCCACTAAAAGGATTAATCGAGAAATATGGCCGAGGGAAATGTTGGAATAGCTAAGGATGTAACTGAATTGATTGGTAACACTCCTTTGGTATACTTGAACAAAATTACCGAGGGTTGTGTTGCGCGTGTCGCGGCCAAGCTGGAGTCGATGGAACCGTGCTCTAGTGTCAAGGAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130991471
ATGGCCGAGGGAAATGTTGGAATAGCTAAGGATGTAACTGAATTGATTGGTAACACTCCTTTGGTATACTTGAACAAAATTACCGAGGGTTGTGTTGCGCGTGTCGCGGCCAAGCTGGAGTCGATGGAACCGTGCTCTAGTGTCAAGGATAGGATTGCATATAGTATGATTACAGATGCGGAAGAAAAAGGGCTTATCACACCAGGAGAGAGTGTCCTCATTGAACCTACGAGTGGAAATACCGGTATAGGCTTGGCGTT...
LOC130991471
ATGGCCGAGGGAAATGTTGGAATAGCTAAGGATGTAACTGAATTGATTGGTAACACTCCTTTGGTATACTTGAACAAAATTACCGAGGGTTGTGTTGCGCGTGTCGCGGCCAAGCTGGAGTCGATGGAACCGTGCTCTAGTGTCAAGGATAGGATTGCATATAGTATGATTACAGATGCGGAAGAAAAAGGGCTTATCACACCAGGAGAGAGTGTCCTCATTGAACCTACGAGTGGAAATACCGGTATAGGCTTGGCGTT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057771699.1
MAEGNVGIAKDVTELIGNTPLVYLNKITEGCVARVAAKLESMEPCSSVKDRIAYSMITDAEEKGLITPGESVLIEPTSGNTGIGLAFIAAAKGYKLIITMPASMSLERRIVLRAFGAELVLTDPAKGMKGAVAKAEEIRDKTPNSYIFQQFENPANPKIHYETTGPELWKGTNGKIDGFVSGIGTGGTITGAGKYLKEQNPKIKLYGVEPSESAILSGGKPGPHKIQGVGAGFIPGVLDVDLIDEVVQVSSEEAIETAKL...
XP_057771700.1
MAEGNVGIAKDVTELIGNTPLVYLNKITEGCVARVAAKLESMEPCSSVKDRIAYSMITDAEEKGLITPGESVLIEPTSGNTGIGLAFIAAAKGYKLIITMPASMSLERRIVLRAFGAELVLTDPAKGMKGAVAKAEEIRDKTPNSYIFQQFENPANPKIHYETTGPELWKGTNGKIDGFVSGIGTGGTITGAGKYLKEQNPKIKLYGVEPSESAILSGGKPGPHKIQGVGAGFIPGVLDVDLIDEVVQVSSEEAIETAKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器