公开数据范围:Chr01–Chr08。 模块和数据版本清单

使用帮助

所有主要页面均支持中文和英文切换。语言按钮会保留当前查询参数,因此可以先查询一个基因,再切换语言查看同一结果。

ID 查询规则

网站优先使用统一新 Gene ID,例如 SmilChr01G000001.

多数查询框也支持 NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID 和 Protein ID。系统会先解析到统一基因,再返回对应模块结果。

新版 ID: SmilChr01G000001 LOC ID: LOC131007145 NCBI GeneID: 131007145 Protein ID: XP_057790285.1

数据整理与证据标准

统一 ID 与文献名称

统一新 ID 是站内展示与下载的首选标识。文献名称仅在人工核对后加入映射表;Gene Card 会保留映射方法、置信度和文献来源。低置信度映射只能作为候选线索。

GO / KEGG

注释来源于已导入的数据库记录和同源支持。缺少 GO 或 KEGG 条目不代表该基因不存在相应功能;KEGG 对次生代谢通路的覆盖仍不完整。

TFBS / 靶基因

基于 4 kb 上游序列和预计算 PWM motif 扫描。标准化分数阈值用于排序和筛选,不是丹参 ChIP、DAP-seq、EMSA 或报告基因实验校准的显著性阈值。所有命中均为候选顺式元件或候选靶基因。

PPI

PPI 页面区分本地启发式候选分数和 Salvia splendens STRING 同源转移层。两者的交集用于提高候选优先级,但不构成丹参本物种的实验证据,也不应写作直接物理互作。

常用功能示例

Gene Card

查看一个基因的基础信息、序列、注释、定位、表达、变异和 JBrowse 跳转。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 XP_057790285.1

Pfam Search

输入 Pfam ID 或关键词,反查同一家族的丹参基因。

PF00069

结构域预测

查看某个基因或蛋白的 Pfam 结构域位置和示意图。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 XP_057790285.1

亚细胞定位

返回最可能的 5 个亚细胞定位位置。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 XP_057790285.1

表达量图谱

按研究和条件查看基因表达量。

SmilChr05G000084 LOC131026563 131026563 XP_057812434.1

共表达分析

基于表达矩阵查找表达模式最相似的基因。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 XP_057790285.1

蛋白互作

输入一个基因返回 Top10/Top20 候选互作基因,也可输入两段序列评分。

SmilChr05G001096 LOC130985803 130985803 XP_057764913.1

GO / KEGG

每个输入基因一行展示 GO/KEGG 注释,同时对基因集生成富集图。

GO/KEGG

基因组区间工具

按标准染色体区间提取序列、查看重叠基因和 PCR 引物候选。

Chr01:47739-50415

转录因子结合位点

扫描基因上游 4000 bp 或提交 DNA 序列中的潜在结合位点。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 XP_057790285.1

EMS 突变库

按基因、材料编号或区间筛选 EMS 候选突变。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 XP_057790285.1

JBrowse

浏览 8 条标准染色体和基因结构注释。

JBrowse

BLAST

向 Genome、cDNA、CDS 或 Protein 数据库提交序列检索。

BLAST

JBrowse 使用说明

  1. 打开 JBrowse 后,在搜索框输入标准 Gene ID,或输入坐标,例如 Chr01:100000-120000。
  2. 在左侧轨道列表中启用参考序列与基因结构注释;缩放后可查看外显子、CDS 与基因方向。
  3. 坐标和 ID 以当前网站参考基因组版本为准。需要序列、注释、变异或表达信息时,请返回 Gene Card 使用同一标准 ID。

打开 JBrowse

推荐工作流

从候选基因到功能解释

Gene Card → 功能注释 → Pfam/结构域 → 亚细胞定位 → 表达量 → 共表达 → PPI。

从区间到候选基因

Genome Tools → JBrowse → 区间内基因 → EMS 突变 → Gene Card。

从家族到成员列表

Pfam Search → Gene Card → 表达量/共表达 → 下载序列。