公开数据范围:Chr01–Chr08。 模块和数据版本清单
网站优先使用统一新 Gene ID,例如 SmilChr01G000001.
多数查询框也支持 NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID 和 Protein ID。系统会先解析到统一基因,再返回对应模块结果。
统一新 ID 是站内展示与下载的首选标识。公开文献登记、名称解析和功能归属只保留有论文 accession 与当前参考序列比对证据的已确认身份;Gene Card 保留映射方法、置信度和文献来源。未确认名称仅用于内部审核,不公开候选导航。某次克隆的身份证据不能自动推广为后续论文功能克隆的身份。
注释来源于已导入的数据库记录和同源支持。缺少 GO 或 KEGG 条目不代表该基因不存在相应功能;KEGG 对次生代谢通路的覆盖仍不完整。
基于 4 kb 上游序列和预计算 PWM motif 扫描。标准化分数阈值用于排序和筛选,不是丹参 ChIP、DAP-seq、EMSA 或报告基因实验校准的显著性阈值。所有命中均为候选顺式元件或候选靶基因。
PPI 页面区分本地启发式候选分数和 Salvia splendens STRING 同源转移层。两者的交集用于提高候选优先级,但不构成丹参本物种的实验证据,也不应写作直接物理互作。
查看一个基因的基础信息、序列、注释、定位、表达、变异和 JBrowse 跳转。
SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1当前版本使用已核验的全长 PROFEAT 与 ESM2 特征;10 类主定位分数已进行跨物种参考概率校准。
查询 LocPro 亚细胞定位预测,展示最多五个得分大于零的定位候选;预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率。
SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1输入一个基因返回 Top10/Top20 候选互作基因,也可输入两段序列评分。
SmilChr05G001096 LOC130985803 130985803 SmilChr05G001096.1扫描基因上游 4000 bp 或提交 DNA 序列中的潜在结合位点。
SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1Gene Card → 功能注释 → Pfam/结构域 → 亚细胞定位 → 表达量 → 共表达 → PPI。
Genome Tools → JBrowse → 区间内基因 → EMS 突变 → Gene Card。
Pfam Search → Gene Card → 表达量/共表达 → 下载序列。