公开数据范围:Chr01–Chr08。 模块和数据版本清单

使用帮助

所有主要页面均支持中文和英文切换。语言按钮会保留当前查询参数,因此可以先查询一个基因,再切换语言查看同一结果。

ID 查询规则

网站优先使用统一新 Gene ID,例如 SmilChr01G000001.

多数查询框也支持 NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID 和 Protein ID。系统会先解析到统一基因,再返回对应模块结果。

新版 ID: SmilChr01G000001 LOC ID: LOC131007145 NCBI GeneID: 131007145 Protein ID: SmilChr01G000001.1

数据整理与证据标准

统一 ID 与文献名称

统一新 ID 是站内展示与下载的首选标识。公开文献登记、名称解析和功能归属只保留有论文 accession 与当前参考序列比对证据的已确认身份;Gene Card 保留映射方法、置信度和文献来源。未确认名称仅用于内部审核,不公开候选导航。某次克隆的身份证据不能自动推广为后续论文功能克隆的身份。

GO / KEGG

注释来源于已导入的数据库记录和同源支持。缺少 GO 或 KEGG 条目不代表该基因不存在相应功能;KEGG 对次生代谢通路的覆盖仍不完整。

TFBS / 靶基因

基于 4 kb 上游序列和预计算 PWM motif 扫描。标准化分数阈值用于排序和筛选,不是丹参 ChIP、DAP-seq、EMSA 或报告基因实验校准的显著性阈值。所有命中均为候选顺式元件或候选靶基因。

PPI

PPI 页面区分本地启发式候选分数和 Salvia splendens STRING 同源转移层。两者的交集用于提高候选优先级,但不构成丹参本物种的实验证据,也不应写作直接物理互作。

常用功能示例

基因详情

查看一个基因的基础信息、序列、注释、定位、表达、变异和 JBrowse 跳转。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1

Pfam 检索

输入 Pfam ID 或关键词,反查同一家族的丹参基因。

PF00069

结构域预测

查看某个基因或蛋白的 Pfam 结构域位置和示意图。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1

亚细胞定位

当前版本使用已核验的全长 PROFEAT 与 ESM2 特征;10 类主定位分数已进行跨物种参考概率校准。

查询 LocPro 亚细胞定位预测,展示最多五个得分大于零的定位候选;预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1

表达量图谱

按研究和条件查看基因表达量。

SmilChr05G000084 LOC131026563 131026563 SmilChr05G000084.1

共表达分析

基于表达矩阵查找表达模式最相似的基因。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1

蛋白互作

输入一个基因返回 Top10/Top20 候选互作基因,也可输入两段序列评分。

SmilChr05G001096 LOC130985803 130985803 SmilChr05G001096.1

GO / KEGG

每个输入基因一行展示 GO/KEGG 注释,同时对基因集生成富集图。

GO/KEGG

基因组区间工具

按标准染色体区间提取序列、查看重叠基因和 PCR 引物候选。

Chr01:47739-50415

转录因子结合位点

扫描基因上游 4000 bp 或提交 DNA 序列中的潜在结合位点。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1

EMS 突变库

按基因、材料编号或区间筛选 EMS 候选突变。

SmilChr01G000001 LOC131007145 131007145 SmilChr01G000001.1

JBrowse

浏览 8 条标准染色体和基因结构注释。

JBrowse

BLAST

向 Genome、cDNA、CDS 或 Protein 数据库提交序列检索。

BLAST

JBrowse 使用说明

  1. 打开 JBrowse 后,在搜索框输入标准 Gene ID,或输入坐标,例如 Chr01:100000-120000。
  2. 在左侧轨道列表中启用参考序列与基因结构注释;缩放后可查看外显子、CDS 与基因方向。
  3. 坐标和 ID 以当前网站参考基因组版本为准。需要序列、注释、变异或表达信息时,请返回 Gene Card 使用同一标准 ID。

打开 JBrowse

推荐工作流

从候选基因到功能解释

Gene Card → 功能注释 → Pfam/结构域 → 亚细胞定位 → 表达量 → 共表达 → PPI。

从区间到候选基因

Genome Tools → JBrowse → 区间内基因 → EMS 突变 → Gene Card。

从家族到成员列表

Pfam Search → Gene Card → 表达量/共表达 → 下载序列。